reactome-mcp-server

🚀 非官方 Reactome MCP 服务器 🧬

这是一个用于访问 Reactome 通路和系统生物学数据的模型上下文协议（MCP）服务器。它借助 Reactome 的 API 数据，提供了一系列工具来探索生物通路和相关信息。

由 增强自然 开发 - 推动人工智能助力科学发现

✨ 主要特性

已验证的功能

所有 8 个工具均可使用实时的 Reactome API 数据：

• 🔍 通路搜索 - 按名称、过程、关键词搜索生物通路
• 📊 通路详情 - 提供全面的通路信息和组成部分
• 🧬 基因到通路 - 查找包含特定基因/蛋白质的通路
• 🦠 疾病通路 - 与疾病相关的生物机制
• 🌲 通路层次结构 - 显示父/子关系和通路结构
• 🧪 通路参与者 - 列出参与通路的所有分子
• ⚗️ 生化反应 - 提供详细的反应信息
• 🔗 蛋白质相互作用 - 展示通路内的分子相互作用

🚀 快速开始

# 安装并构建
npm install
npm run build

# 运行服务器
node build/index.js

📦 安装指南

Claude 桌面端配置

{
  "mcpServers": {
    "reactome-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他 MCP 客户端

node /path/to/reactome-server/build/index.js

💻 使用示例

基础用法

🔍 search_pathways

按名称、描述或关键词搜索生物通路

{
  "name": "search_pathways",
  "arguments": {
    "query": "cell cycle", // 通路名称、过程或关键词
    "type": "pathway", // 可选: pathway, reaction, protein, complex, disease
    "size": 20 // 可选: 1 - 100 个结果 (默认: 20)
  }
}

示例结果：

• Cell Cycle (R-HSA-1640170) - 细胞周期进展和调控
• Cell Cycle Checkpoints (R-HSA-69620) - 质量控制机制
• Mitotic G1-G1/S phases (R-HSA-453279) - G1 期进展

高级用法

系统生物学工作流示例

# 1. 搜索 DNA 修复通路
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}

# 2. 获取详细的通路信息
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

# 3. 查找包含 BRCA1 的所有通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}

# 4. 获取通路参与者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

疾病机制研究示例

# 1. 搜索与癌症相关的通路
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}

# 2. 获取致癌信号通路的层次结构
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

# 3. 分析生化反应
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

药物发现流程示例

# 1. 查找药物靶点的通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}

# 2. 获取通路中的蛋白质相互作用
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}

# 3. 分析通路参与者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}

📚 详细文档

资源模板

可通过标准化的 URI 访问 Reactome 数据：

• reactome://pathway/{id} - 完整的通路信息
• reactome://reaction/{id} - 详细的反应信息
• reactome://protein/{id} - 蛋白质详情和关联信息
• reactome://disease/{id} - 与疾病相关的通路
• reactome://search/{query} - 搜索结果

🔧 技术细节

数据覆盖范围

Reactome 提供以下方面的精心策划数据：

• 25,000 + 个反应，涵盖所有主要的生物过程
• 14,000 + 种蛋白质，带有详细的功能注释
• 2,500 + 条通路，覆盖细胞和分子过程
• 20 + 个物种，包括人类、小鼠、大鼠和模式生物
• 交叉引用，涉及 UniProt、ChEMBL、Ensembl 等数据库

关键生物领域

• 信号转导通路
• 代谢过程和网络
• 基因调控和表达
• 细胞周期和 DNA 修复
• 免疫系统反应
• 疾病机制和药物作用
• 发育生物学过程

架构

• TypeScript 实现，具有强大的类型安全性
• Reactome 内容服务 API，用于高效的数据检索
• MCP 协议 兼容的 JSON - RPC 通信
• 错误处理，具备全面的验证机制
• 生产就绪，有 30 秒超时设置和适当的日志记录

📄 API 文档

• 基础 URL：https://reactome.org/ContentService
• 版本：Reactome v79（最新）
• 速率限制：对研究使用较为宽松
• 认证：无需认证
• 格式：REST API，返回 JSON 响应

🤝 贡献指南

1. 分叉仓库
2. 进行更改
3. 提交拉取请求

📄 许可证

引用说明

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按以下方式引用：

@misc{reactomemcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}