JinDaGe - PubMed Searcher MCP Details

article

README

🚀 PubMed 分析 MCP 服务器

这是一个专业的PubMed医学文献分析MCP服务器，旨在帮助科研人员快速洞察医学研究动态。目前该项目由苦逼医学生独立开发，功能仍在不断完善中，欢迎各位提出宝贵建议和改进意见！

✨ 主要特性

文献检索：支持PubMed高级检索语法，可灵活设置日期范围和结果数量，精准定位所需文献。
热点分析：通过统计关键词频率，精准识别热门研究方向，并汇总相关文献，助力科研人员把握研究热点。
趋势追踪：追踪关键词随时间的频率变化，清晰揭示研究趋势的演变过程，为科研决策提供有力支持。
发文统计：提供灵活的时间周期设置，深入分析文献数量变化，帮助科研人员了解研究领域的发展态势。
全面报告：一键生成包含热点、趋势和统计信息的分析报告，为科研人员节省大量时间和精力。

📦 安装指南

# 安装依赖
pip install -r requirements.txt
# 或使用uv
uv pip install -r requirements.txt

💻 使用示例

基础用法

MCP工具使用说明

本服务器提供了一系列实用的MCP工具，以下为您详细介绍各工具的使用方法和主要参数：

1. search_pubmed

搜索PubMed并保存结果。主要参数：

email：您的电子邮件（必填）
advanced_search：PubMed搜索查询（必填，与高级检索语法相同）
max_results：最大结果数（默认：1000）

2. list_result_files

列出可用的结果文件。

3. analyze_research_hotspots

分析研究热点。主要参数：

filename：结果文件名（必填）
top_n：分析的关键词数量（默认：20）

4. analyze_research_trends

分析研究趋势。

5. analyze_publication_count

分析发文数量。

6. generate_comprehensive_analysis

生成全面分析报告。

配置 mcp.json

因为习惯使用uv虚拟环境，所以这里直接使用python的路径运行python文件。

// 在 mcp.json 中添加以下配置（适用于Windows）
"PubMed": {
        "command": "cmd",
        "args": [
          "/c",
          "path/to/python.exe",
          "path/to/server.py"
        ]
    }
// 例如，我的 mcp.json 文件如下
{
    "mcpServers": {
      "fetch":{
        "command": "cmd",
        "args": [
          "/c",
          "uvx",
          "mcp-server-fetch"
        ]
      },
      "PubMed": {
        "command": "cmd",
        "args": [
          "/c",
          "path/to/python.exe",
          "path/to/server.py"
        ]
      }
    }
}

高级用法

调用示例

// 例如，调用 analyze_research_hotspots 工具：
python script.py --tool analyze_research_hotspots --filename results.json --top_n 50

📄 注意事项

⚠️ 重要提示

使用本服务器时，请严格遵守NCBI的API使用政策。

分析结果将保存在指定路径下，请确保路径有效。

本项目功能仍在完善中，可能会出现不稳定的情况。

💡 使用建议 欢迎各位积极提出建议和改进意见，共同推动项目的发展和完善！

PubMed Searcher