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PubMed MCP Server是一个通过Model Context Protocol(MCP)为AI助手提供访问PubMed生物医学文献库的桥梁服务,支持文献搜索、元数据获取和深度分析功能。

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README

🚀 PubMed MCP 服务器

🔍 本项目允许 AI 助手借助简单的 MCP 接口,对 PubMed 文章进行搜索、访问与分析,为生物医学研究提供有力支持。

PubMed MCP 服务器借助 Model Context Protocol (MCP),在 AI 助手和 PubMed 的海量生物医学文献库间搭建了桥梁。它能让 AI 模型通过关键词或高级搜索查询科学文章,快速获取论文元数据,还能以程序化方式开展深入分析。

🤝 欢迎贡献 • 📝 可报告错误

✨ 主要特性

  • 🔎 论文搜索:支持使用关键词或高级搜索查询 PubMed 文章 ✅
  • 🚀 高效检索:能够快速访问论文元数据 ✅
  • 📊 元数据访问:可获取特定论文的详细信息 ✅
  • 📊 研究支持:有助于促进生物医学科学研究和分析 ✅
  • 📄 论文访问:可尝试下载全文 PDF 内容 ✅
  • 🧠 深入分析:能进行全面的论文分析 ✅
  • 📝 研究提示:提供一组专门用于论文分析的提示 ✅

🚀 快速开始

先决条件

  • Python 3.10+
  • FastMCP 库

安装

使用 Smithery 安装

可通过 Smithery 自动为 Claude Desktop 安装 pubmed-mcp-server:

claude
npx -y @smithery/cli install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client claude
Cursor

在 Settings → Cursor Settings → MCP 中添加新服务器,粘贴以下内容:

  • Mac/Linux
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}" 
Windsurf
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"
  1. 克隆仓库:
git clone [仓库地址]
cd [仓库名称]
  1. 安装依赖项:
pip install -r requirements.txt

📦 项目结构

  • pubmed_server.py:主要的 MCP 服务器实现,使用 FastMCP
  • pubmed_web_search.py:包含搜索 PubMed 和获取文章信息的逻辑

🔧 技术细节

本项目的正常运行依赖以下组件:

  • Python 3.10+
  • FastMCP
  • asyncio
  • logging
  • requests
  • beautifulsoup4

🤝 贡献

欢迎大家为项目贡献力量!请随意提交 Pull Request。

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证。

⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请遵守 PubMed 的服务条款,负责任地使用此工具。

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Runtime guide

cloud

Hosted runtime

Hosted servers run from a provider-managed environment. You usually connect the MCP client to the hosted endpoint or follow the provider's authorization flow, without keeping a local process alive

  1. Open provider connection page
  2. Authorize or copy endpoint
  3. Connect from your MCP client
terminal

Local runtime / other methods

Local servers run on your own machine or infrastructure. You normally copy the server_config into your MCP client, install the required package, and provide env variables from env_schema when needed

  1. Copy server_config
  2. Install required package
  3. Fill env variables and restart client