NexOnco (CIViC Precision Oncology)

🚀 Nexonco 临床证据查询工具

Nexonco 由 Nexgene 研究提供，是一个基于 MCP 协议的服务器。它能从 CIViC（临床变体在癌症中的医学解释）数据库中访问临床证据，支持快速、灵活地搜索变异、疾病、药物和表型信息，助力精准肿瘤学研究。

🚀 快速开始

演示

https://github.com/user-attachments/assets/02129685-5ba5-4b90-89e7-9d4a39986210

观看完整视频：此处

安装与配置

依赖项

Python >= 3.6
Jupyter Notebook
requests
pandas

配置步骤

1. 克隆仓库：

   git clone https://github.com/Nexgene-Research/nexonco-mcp.git
   cd nexonco-mcp
   

2. 安装依赖项：

   pip install -r requirements.txt
   

3. 启动服务器：

   python server.py
   

✨ 主要特性

核心功能

• 实时数据查询：通过 CIViC 数据库获取最新的临床证据。
• 多条件搜索：支持对变异、疾病、药物和表型的组合查询。
• 结果可视化：以表格和图表形式展示查询结果，便于分析。

示例用例

# 查询特定药物的疗效
results = query_therapies("Imatinib", "leukemia")
print(results)

📚 详细文档

使用说明

输入格式

{
  "query": {
    "therapy": "Imatinib",
    "disease": "leukemia"
  },
  "options": {
    "include": ["evidence_level", "clinical_significance"]
  }
}

输出格式

[
  {
    "therapy": "Imatinib",
    "disease": "leukemia",
    "evidence_level": "Level 1",
    "clinical_significance": "Effective"
  },
  ...
]

示例查询

查询示例

• 问题：哪些疗法与胰腺癌证据相关？
• 查询代码：

  results = query_therapies(disease="pancreatic cancer")
  print(results)
  

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证，具体条款请参见 LICENSE 文件。

⚠️ 重要提示

本工具仅供研究用途。它不能替代专业医疗建议、诊断或治疗。

👥 贡献者

• Obada Qasem (@obadaqasem)，Nexgene AI
• Kutsal Ozkurt (@Goodsea)，Nexgene AI