JinDaGe - pubcrawl MCP Details

article

README

🚀 PubCrawl

PubCrawl是一个 MCP服务器，它使大语言模型（LLM）客户端能够访问PubMed、FDA药品标签、英国药品数据以及ClinicalTrials.gov的数据。这就像是一场经过同行评审的文献、标签和试验的探索之旅。

本项目由 PharmaTools.AI 开发。

✨ 主要特性

文献相关工具

| 工具 | 功能 | |------|-------------| | search_pubmed | 可使用日期范围、文章类型和排序顺序等过滤器搜索PubMed。返回 PMID、标题、作者、期刊和 DOI。 | | get_abstract | 获取文章的完整结构化摘要，该摘要会被拆分为有标签的部分（背景、方法、结果、结论），并包含关键词和医学主题词（MeSH）。 | | get_full_text | 从 PubMed Central 检索开放获取文章的全文，包含解析后的章节、图表标题和参考文献数量。 | | find_related | 使用 PubMed 的邻居算法查找相似文章，并按相关性得分排序。 | | format_citation | 生成 APA、温哥华、哈佛或 BibTeX 风格的格式化引用。 | | trending_papers | 查找某一主题的近期论文，还可选择过滤出高影响力期刊（如《自然》《科学》《细胞》《新英格兰医学杂志》《柳叶刀》《美国医学会杂志》等）上的文章。 |

药品标签相关工具

| 工具 | 功能 | |------|-------------| | get_uspi | 从 DailyMed 获取美国药品处方信息部分，包括适应症、剂量、警告、禁忌症等。这些信息是从 FDA 结构化产品标签中解析出来的。 | | get_smpc | 从英国电子药品目录（eMC）检索英国药品特性摘要，这相当于美国的药品处方信息，且有编号的 SmPC 章节。 | | compare_labels | 对同一种药物的美国（USPI）和英国（SmPC）标签进行并排比较，找出适应症、警告和剂量方面的监管差异。 | | search_by_indication | 查找针对某种医疗状况获批的药物。通过 OpenFDA 搜索 FDA 标签，然后在 eMC 上交叉引用该药物在英国的可用性。 |

临床试验相关工具

| 工具 | 功能 | |------|-------------| | search_trials | 在 ClinicalTrials.gov 上搜索临床试验。可按病症、干预措施、招募状态和阶段进行过滤。返回 NCT ID、赞助商、招募人数和链接。 | | get_trial | 通过 NCT ID 获取临床试验的完整详细信息，包括资格标准、研究设计、分组、主要/次要结果、地点和相关的 PubMed ID。 |

📦 安装指南

前提条件

Node.js 20 及以上版本
兼容 MCP 的客户端（如 Claude Desktop、Cursor 等）

通过 npm 安装

npm install -g @pharmatools/pubcrawl

配置 Claude Desktop

将以下内容添加到 claude_desktop_config.json 文件中：

macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Windows：%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "pubcrawl"
    }
  }
}

重启 Claude Desktop。PubCrawl 将出现在 + → 连接器 下。

从源代码安装

git clone https://github.com/nickjlamb/pubcrawl.git
cd pubcrawl
npm install
npm run build

然后在配置文件中指向构建后的文件：

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pubcrawl/dist/index.js"]
    }
  }
}

NCBI API 密钥（可选）

如果没有 API 密钥，请求速率将限制为每秒 3 次；有了 API 密钥，请求速率可达到每秒 10 次。

在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/ 创建一个免费的 NCBI 账户。
转到账户设置 → API 密钥管理。
将密钥添加到配置文件中：

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "pubcrawl",
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your_key_here"
      }
    }
  }
}

💻 使用示例

基础用法

连接成功后，只需自然地提问即可，例如：

"Search PubMed for recent clinical trials on semaglutide"（在 PubMed 上搜索关于司美格鲁肽的近期临床试验）
"Get the abstract for PMID 38127654"（获取 PMID 为 38127654 的文章摘要）
"Find papers related to this one and format citations in APA"（查找与这篇文章相关的论文，并以 APA 格式生成引用）
"What are the trending papers on CRISPR gene therapy this month?"（本月关于 CRISPR 基因疗法的热门论文有哪些？）
"Get the full text of that paper from PMC"（从 PubMed Central 获取那篇论文的全文）
"Get the FDA prescribing information for metformin — just the indications and warnings"（获取二甲双胍的 FDA 处方信息，仅需适应症和警告部分）
"Pull the UK SmPC for atorvastatin"（获取阿托伐他汀的英国药品特性摘要）
"Compare US and UK labelling for lisinopril"（比较赖诺普利的美国和英国标签）
"What drugs are approved for type 2 diabetes?"（哪些药物被批准用于治疗 2 型糖尿病？）
"Find recruiting Phase 3 trials for pembrolizumab in breast cancer"（查找正在招募的帕博利珠单抗治疗乳腺癌的 3 期临床试验）
"Get details on clinical trial NCT03086486"（获取临床试验 NCT03086486 的详细信息）

开发相关

npm run dev    # TypeScript 监听模式
npm run build  # 编译到 dist/ 目录
npm start      # 运行服务器

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证。

pubcrawl