JinDaGe - mcp_pride_archive_search MCP Details

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README

🚀 PRIDE 档案 MCP 搜索服务器

该项目实现了一个符合 模型上下文协议 (MCP) 的 API 服务器，为搜索 PRIDE Archive（一个主要的蛋白质组学数据仓库）提供了工具。它允许 AI 模型（例如 Claude 或其他与 MCP 兼容的大语言模型）通过结构化的函数调用，以编程方式与蛋白质组学数据集进行交互。

🚀 快速开始

本项目实现的 API 服务器，能助力 AI 模型与蛋白质组学数据集交互，为生物医学和蛋白质组学研究提供便利。

✨ 主要特性

✅ 由 FastMCP 驱动的 MCP 服务器，性能出色。
🔍 PRIDE 档案搜索工具，可依据关键字、提交日期、流行度等条件查询数据集。
🤖 对生物医学和蛋白质组学研究友好的 AI 工具，降低研究门槛。
⚡ 支持 http（SSE）和 stdio 连接模式，满足不同使用场景。
🛠️ 可通过添加更多工具轻松扩展，具备良好的扩展性。

📦 安装指南

克隆仓库并安装依赖项：

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # 或 pip install -r requirements.txt

💻 使用示例

基础用法

使用您首选的连接类型（http 或 stdio）启动 MCP 服务器：

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

命令行参数： | 参数 | 描述 | 默认值 | | ---- | ---- | ---- | | --connection_type | 连接类型：http 或 stdio | http | | --port | 服务器运行的端口（用于 HTTP 模式） | 9999 |

🔧 技术细节

search_archive_tool(...)

从 PRIDE 档案数据库获取蛋白质组学数据集。

适用场景：

搜索蛋白质组学研究数据。
质谱数据集查询。
生物医学数据集探索（例如癌症相关）。
查找流行或特定的蛋白质组学项目。

🤝 与 LLM 的集成

此服务器适用于任何支持模型上下文协议的 LLM，包括：

Anthropic Claude
Google Gemini
开源 MCP 客户端
自定义 RAG 管道

🧠 架构概述

+---------------------+       工具调用        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API 服务器        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE 档案 REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+

mcp_pride_archive_search