JinDaGe - PRIDE Archive Search MCP Details

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README

🚀 MCP PRIDE 数据库搜索服务器

本项目打造了一个遵循 模型上下文协议 (MCP) 标准的 API 服务器，配备用于搜索 PRIDE 数据库的工具。PRIDE 数据库是蛋白质组学领域至关重要的数据仓库，借助该服务器，AI 模型（如 Claude 或其他兼容 MCP 的大语言模型）能够通过结构化的函数调用，以编程方式与蛋白质组学数据集展开交互。

🚀 快速开始

本项目实现了一个符合 模型上下文协议 (MCP) 标准的 API 服务器，提供工具以搜索 PRIDE 数据库。它允许 AI 模型通过结构化的函数调用与蛋白质组学数据集进行编程交互。

✨ 主要特性

✅ 由 FastMCP 提供支持的 MCP 服务器
🔍 PRIDE 数据库搜索工具，可通过关键字、提交日期、流行度等条件查询数据集
🤖 适合生物医学和蛋白质组学研究的 AI 友好型工具
⚡ 支持 http（SSE）和 stdio 连接模式
🛠️ 易于扩展以添加更多工具

📦 安装指南

克隆仓库并安装依赖：

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # 或 pip install -r requirements.txt

💻 使用示例

基础用法

以您选择的连接类型启动 MCP 服务器：

python -m mcp_pride_ARCHIVE_SEARCH --connection_type http --port 9999

命令行参数说明： | 参数 | 描述 | 默认值 | | ---- | ---- | ---- | | --connection_type | 连接类型：http 或 stdio | http | | --port | 服务器运行的端口（适用于 HTTP 模式） | 9999 |

📚 详细文档

🔧 工具 API

search_archive_tool(...)

从 PRIDE 数据库中获取蛋白质组学数据集。 在以下情况下使用：

搜索蛋白质组学研究数据
质谱数据分析查询
生物医学数据探索（例如癌症相关研究）
查找特定或热门的蛋白质组学项目

🤝 与 LLM 的集成

此服务器可与任何支持模型上下文协议的 LLM 配合使用，包括：

Anthropic Claude
Google Gemini
开源 MCP 客户端
自定义 RAG 管道

🧠 架构概述

+---------------------+       工具调用        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API 服务器        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE 数据库 REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+

📄 许可证

采用 MIT 许可证。详细内容请参阅 LICENSE 文件。

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