JinDaGe - pymol-mcp MCP Details

article

README

🚀 PyMOL - MCP：将PyMOL与Claude AI集成

PyMOL - MCP借助Model Context Protocol (MCP)把PyMOL与Claude AI连接起来，让Claude能够直接对PyMOL进行控制和操作。这种强大的集成使得利用自然语言开展结构生物学、分子可视化和分析工作成为可能。

https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36

✨ 主要特性

双向通信：通过基于套接字的服务器将Claude AI连接到PyMOL。
智能命令解析：运用自然语言处理技术处理PyMOL命令。
分子可视化控制：可操作分子的表示方式、颜色和视图。
结构分析：能够执行测量、对齐等其他分析操作。
代码执行：可在Claude中运行任意Python代码来控制PyMOL。

📦 安装指南

先决条件

系统上已安装PyMOL。
已安装Claude for Desktop。
安装了Python 3.10或更高版本。
安装了Git。

第一步：安装UV包管理器

在macOS上：

brew install uv

在Windows上：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

对于其他平台，请访问UV安装指南。

第二步：克隆仓库

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

第三步：设置环境

创建并激活Python虚拟环境：

python -m venv venv

在macOS/Linux上：

source venv/bin/activate

在Windows上：

venv\Scripts\activate

第四步：安装依赖项

激活虚拟环境后：

pip install mcp

第五步：配置Claude Desktop

打开Claude Desktop。
转到Claude > 设置 > 开发人员 > 编辑配置。
这将打开claude_desktop_config.json文件。
添加MCP服务器配置：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[您系统的实际完整路径]",
      "args": ["[PyMOL_MCP_Server.py的实际完整路径]"]
    }
  }
}

例如：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

⚠️ 重要提示

使用您系统的实际完整路径。在Windows上，使用正斜杠(/)而不是反斜杠。

第六步：安装PyMOL插件

打开PyMOL。
转到Plug - in → Plug - in Manager。
点击“Install New Plugin”标签。
选择“Choose file...”，导航到克隆的仓库。
选择pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py文件。
点击“打开”以安装插件。

💻 使用示例

启动PyMOL时加载插件

在PyMOL启动时自动加载插件，将以下行添加到~/.pymolrc文件：

load_plugin /path/to/pymol-mcp-socket-plugin/pymol_mcp_plugin.so

🤝 项目贡献

欢迎贡献！请随意提交Pull Request。

📄 许可证

本项目根据MIT License授权，详情请参阅LICENSE文件。

pymol-mcp