shield_lock
JinDaGe
Contact
← Back to skills
extension
Category: OtherAPI key required

病理切片分析

Submit a pathology slice, initiate analysis request, and retrieve the AI diagnosis result via a 6-step API workflow. Use when users need to run pathology slice analysis, including login/auth, COS credential retrieval, file upload, record creation, and result polling.

personAuthor: user_ef14ddb2hubcommunity
downloadDownload package

病理切片分析

概述

执行病理切片分析的六步流程。每一步都会打印一行机器可读的状态信息。

状态输出规范

每一步必须打印一行以下格式的状态信息：

STEP_STATUS|step=<n>|name=<step_name>|status=<success|error|pending>|message=<详情>

工作流程（六步）

  1. 登录认证（已实现）— 需要提供用户名和密码
  2. 获取临时 COS 上传凭据（已实现）
  3. 上传 WSI 文件到 COS（已实现）
  4. 创建 WSI 文件记录回调（已实现）
  5. 创建 WSI 记录（已实现）
  6. 获取 AI 诊断结果（已实现）

第一步：登录认证

首次使用需要提供用户名和密码，通过环境变量传入：

$env:PATHOLOGY_USERNAME = "你的用户名"
$env:PATHOLOGY_PASSWORD = "你的密码"
python scripts/step1_login_auth.py

（环境变量已设置时自动跳过，无需重复输入）

第二步：获取 COS 凭据

python scripts/step2_get_cos_credentials.py [--credentials-url <url>] [--token-file <token_json_path>] [--output-file <credentials_json_path>]

第三步：上传 WSI 文件到 COS

python scripts/step3_upload_wsi_to_cos.py [--credentials-file <cos_credentials_json>] [--local-file <wsi_file>] [--organization <org_name>] [--date <YYYYMMDD>]

COS 路径格式（严格）：

SLIDES/chunked_uploads/{YYYYMMDD}/{机构名称}/{文件 MD5}/{文件名}{扩展名}

第四步：创建 WSI 文件记录回调

python scripts/step4_create_wsi_file_record.py [--callback-url <url>] [--token-file <token_store_json>] [--upload-result-file <cos_upload_result_json>] [--disease <id>]

回调 path 格式（严格，默认行为）：

chunked_uploads/{YYYYMMDD}/{机构名称}/{文件 MD5}/{文件名}{扩展名}

注意：

  • 默认自动去除 SLIDES/ 前缀
  • 始终发送不带 SLIDES/ 前缀的 path

第五步：创建 WSI 记录

python scripts/step5_create_wsi_record.py [--create-url <url>] [--token-file <token_store_json>] [--upload-result-file <cos_upload_result_json>] [--disease <id>] [--source <org_id>] [--is-run]

可选参数：

  • --create-url（默认：http://10.5.16.108/api/v1/image/create/）
  • --token-file（默认：scripts/data/token_store.json）
  • --upload-result-file（默认：scripts/data/cos_upload_result.json）
  • --disease（必填）
    • 6：通用组织切片
    • 14：消化道活检AI
  • --source（默认：3696）
  • --is-run（默认 true）
  • --no-is-run（可选，显式设为 false）
  • --output-file（默认：scripts/data/wsi_record_result.json）

第五步请求体字段：

  • filename：来自第三步上传的文件名
  • total_md5：来自第三步的 file_md5
  • disease：传入的疾病类型
  • source：来源机构 ID
  • is_run：是否立即运行

第六步：获取 AI 诊断结果

python scripts/step6_get_ai_diagnosis_result.py [--list-url <url>] [--token-file <token_store_json>] [--wsi-record-file <wsi_record_result_json>] [--slide-id <id>] [--wait-seconds <seconds>] [--no-wait]

默认行为：

  • 请求前等待 30 秒（AI 诊断需要时间）
  • slide_id 来自第五步输出的 response.id
  • 查询接口：GET http://10.5.16.108/api/v1/embed/image/list/?id=<slide_id>
  • 如果状态不是成功，提醒用户 1 分钟后再试
  • 最终输出必须包含 modified_ai_diagnosis_result_map.value

ai_diagnosis_status 状态码说明：

  • 0：未知
  • 1：排队中
  • 2：队列中
  • 3：分析中
  • 4：分析成功
  • 5：分析失败

注意事项

  • 第一步凭据提供方式：优先读取环境变量 PATHOLOGY_USERNAME 和 PATHOLOGY_PASSWORD；如未设置，脚本报错退出并提示需要设置这两个环境变量。
  • 第五步诊断类型确认：如用户未明确指定诊断类型，先询问并等待选择：
    • 6 — 通用组织切片
    • 14 — 消化道活检AI
  • 第一步自动跳过：如 scripts/data/token_store.json 已包含有效（未过期）的 token，第一步打印 skipped
  • 第二步自动跳过：如 scripts/data/cos_credentials.json 存在且 expired_time 未过期，第二步打印 skipped
  • 第六步提醒规则：当 ai_diagnosis_status 不为 4 时，提醒用户 1 分钟后再试
  • 任何一步返回 401，重新运行第一步刷新 token