疾病靶点收集

适用场景

需要收集某个疾病的靶点基因
用户希望走 GeneCards 网页下载流程
需要下载 CSV 后再本地解析和标准化

工作流

优先使用可用的浏览器自动化直接打开 GeneCards 结果页：https://www.genecards.org/search/results?q={Disease}。
等待页面标题变为 GeneCards - Search results for {Disease}。
在结果页顶部找到导出下拉按钮 Download（通常是一个仅图标/空文本的下拉按钮，不一定显示文字）。
点击 Download 后，在弹出的菜单里选择 CSV。
如果浏览器或操作系统弹出下载确认/保存对话框，暂停并提示用户点击“保存/存储/Save/Download/Save As”等确认按钮，让文件真正落到本地下载目录。不要默认假设是 macOS。
下载成功后，把 CSV 复制或移动到 ./np-output/disease/，作为本 skill 的标准输入文件。
解析前必须让用户确认 Relevance Score 筛选方式（见下文「筛选确认」），不要在未确认前直接解析。
用本地脚本解析 ./np-output/disease/ 下的 CSV，按用户选择的筛选参数生成 {Disease}_Merged_Targets.json 和 {Disease}_Gene_List.txt。

筛选确认

在调用解析脚本之前，停下来询问用户希望如何按 Relevance Score 过滤靶点，给出三个选项（类似运行时给用户的建议）：

--median-multiple=2.0（推荐）— 保留 Score ≥ 2 × 中位数的基因，自适应数据分布，是论文常用做法
--min-score=1.0 — 保留 Score ≥ 1.0 的硬阈值过滤
其他 — 用户自定义阈值，或不过滤（全部保留）

用户确认后，把对应参数追加到解析命令再执行，例如：

python3 $SKILL_DIR/scripts/disease_genecards_targets.py "<CSV路径>" --median-multiple 2.0
python3 $SKILL_DIR/scripts/disease_genecards_targets.py "<CSV路径>" --min-score 1.0
python3 $SKILL_DIR/scripts/disease_genecards_targets.py "<CSV路径>"   # 其他/不过滤

跨平台命令适配

命令模板中的 python3 和 $SKILL_DIR 需要根据平台调整：

| 平台 | Python 命令 | Skill 目录变量 | 示例 | |------|-------------|---------------|------| | macOS / Linux | python3 | $SKILL_DIR (bash/zsh) | python3 $SKILL_DIR/scripts/disease_genecards_targets.py | | Windows CMD | python | %SKILL_DIR% | python %SKILL_DIR%\scripts\disease_genecards_targets.py | | Windows PowerShell | python | $env:SKILL_DIR | python $env:SKILL_DIR/scripts/disease_genecards_targets.py |

注意： Windows 通常只有 python 命令（没有 python3）。如果你的 Windows 环境安装了 python3 别名，也可以用 python3。

Skill 可能通过不同方式安装：

| 安装方式 | Skill 位置 | |----------|-----------| | 项目内置 | {项目根}/disease-target-collection/ | | 项目级 Skill | {项目根}/.claude/skills/disease-target-collection/ | | 全局 Skill | ~/.claude/skills/disease-target-collection/ |

运行模式

管线衔接模式（默认）

为网络药理学研究收集疾病靶点，输出到 ./np-output/disease/{Disease}_Gene_List.txt，供 Skill 3（target-intersection）自动发现。

独立运行模式

本技能完全独立运行，无需任何上游文件。使用场景：

单独收集某个疾病的靶点基因列表，用于其他研究
为现有基因列表补充疾病靶点数据
批量收集多个疾病的靶点

最小运行示例：

打开 GeneCards 搜索页面：https://www.genecards.org/search/results?q=osteoporosis
登录后点击页面顶部的 Download → CSV
将下载的 CSV 文件移动/复制到 ./np-output/disease/ 目录

运行解析脚本（以 --median-multiple 2.0 推荐阈值为例）：

python3 disease-target-collection/scripts/disease_genecards_targets.py \
    "./np-output/disease/GeneCards - Search results for osteoporosis.csv" \
    --median-multiple 2.0

输出：

osteoporosis_Gene_List.txt — 基因符号列表（每行一个）
osteoporosis_Merged_Targets.json — 完整目标基因详细信息

运行前提示

在开始网页自动化前，先提醒用户：

GeneCards 必须登录才能导出
GeneCards 的导出可能会触发浏览器或系统下载确认
如弹出保存框，可能需要用户手动点一次确认按钮
不同平台按钮文案可能不同，常见为 保存、存储、Save、Save As、Download
如果用户不希望手动介入，可以先关闭“下载前询问保存位置”等设置，但这不是本 skill 的默认要求

自动化优先级

优先使用浏览器自动化，不限定具体浏览器实现
如果浏览器自动化不可用、被登录/验证码/下载确认阻断，立即停下并转入人工接力
不要改走 web search 或其他数据源来绕过 GeneCards 下载流程

规则

只使用 GeneCards 这一条网页来源。
导出格式以 CSV 为准。
疾病名直接使用用户提供的搜索词，不先扩展同义词。
基因符号统一大写，一行一个。
保留原始下载文件和解析中间文件。
优先复制 CSV 到 ./np-output/disease/，只有在用户明确希望整理下载目录或复制失败时才考虑移动。
解析前必须让用户确认 Relevance Score 筛选方式（见「筛选确认」），支持 --min-score 或 --median-multiple，不要擅自选择或跳过。

手动接力

如果网页流程中的任一步不能自动完成，立即停下并告诉用户：

需要手动做什么
在哪个页面上做
完成后把哪个 CSV 文件放到哪里；默认放到 ./np-output/disease/
如果已经点到 GeneCards 的 CSV，但浏览器或系统要求用户再点一次保存确认按钮，直接让用户点这个按钮，不要改走别的抓取路径
如果浏览器自动化不可用，告诉用户先手动下载并保存 CSV 到 ./np-output/disease/，然后等待继续处理

用户完成后，从后续解析步骤继续，不要改走其他抓取路径。

输出

{Disease}_Merged_Targets.json
{Disease}_Gene_List.txt
原始 CSV 文件