基因组区间机器学习

• 唯一标识：hub-geniml
• 显示名称：基因组区间机器学习
• 能力摘要：利用 Geniml 在 BED 区间集合上训练 Region2Vec、BEDspace、scEmbed 和共识 peak universe，用于区域相似性、元数据检索、scATAC-seq 和下游机器学习。

案例素材

1. 团队要比较多个 ChIP-seq 实验的相似 peak。该 skill 会以统一的参考 universe 对 BED 文件 token 化，训练 Region2Vec 后检索相近区域。
2. 单细胞 ATAC-seq 需要聚类。该 skill 会准备 AnnData 与 peak 坐标，训练 scEmbed 并交给 scanpy 进行降维、聚类和细胞类型探索。
3. 多研究使用不一致的 peak 集。该 skill 会从多份 BED 构建统计上的共识 universe，使后续特征对齐不依赖任意单一实验。