XCMS 代谢组学预处理

适用于将原始 mzML/mzXML LC-MS 数据处理为样本 x 特征强度表。使用 Bioconductor 3.18+、xcms 4.0+、MSnbase 2.28+；使用前以 packageVersion('<pkg>') 核对版本和函数参数。

工作流程

1. 使用 MSnbase::readMSData(raw_files, mode = 'onDisk') 载入原始数据，确认 MS 级别和文件数。
2. 在 pData(raw_data) 中写入样本名、实验组和进样顺序；不要依赖文件名推断分组。
3. 对质心化数据用 CentWaveParam 和 findChromPeaks()；对 profile 数据用 MatchedFilterParam。根据峰宽、ppm、信噪比和噪声水平，结合 QC 谱图调参。
4. 用 ObiwarpParam 和 adjustRtime() 校正保留时间漂移，并用 plotAdjustedRtime() 检查对齐结果。
5. 用 PeakDensityParam 和 groupChromPeaks() 进行跨样本特征分组；sampleGroups 必须来自元数据。
6. 用 ChromPeakAreaParam 和 fillChromPeaks() 填补初始检测漏检的峰，再导出 featureValues() 和 featureDefinitions()。

推荐参数与导出

对质心化 LC-MS，优先从 CentWaveParam(peakwidth = c(5, 30), ppm = 15, snthresh = 10, prefilter = c(3, 1000), mzdiff = 0.01, noise = 1000, integrate = 1) 开始。将特征定义中的 feature_id、mzmed、rtmed 与 featureValues(xdata, method = 'maxint', value = 'into') 合并，输出为 feature_table.csv。

为 MetaboAnalyst 导出时，将强度矩阵转置，使用 M<mz>T<rt> 作为特征名，并在首列保留 Sample 与 Group。

质量控制与注释

• 绘制 TIC、每样本峰数、RT 校正图和特征矩阵 PCA；检查离群样本和系统性漂移。
• 可选用 CAMERA：xsAnnotate()、groupFWHM()、findIsotopes()、findAdducts()，标注同位素与加合物，降低冗余。
• 报告数据采集模式、参数、软件版本、样本过滤规则及填补策略；不要把填补值误报为实测峰。