Sanger 测序色谱图质量评估

Sanger 测序质量评估。

适用场景

需要对 Sanger 测序色谱图进行结构化质量评估、明确假设前提、并输出边界清晰的结果时使用本技能。
需要执行数据分析任务，且要求明确假设、限定范围、输出可复现格式结果时使用本技能。
需要为缺失输入、执行错误或证据不完整的情况提供文档化的应急处理路径时使用本技能。

核心特性

聚焦于对 Sanger 测序色谱图进行质量评估的工作流。
打包的可执行入口：scripts/main.py。
结构化的执行路径，确保输出结果一致且可复核。

依赖项

详见上方「## 前置条件」。

Python：3.10+。仓库内所有已打包技能的基线版本。
numpy：版本未指定。在 requirements.txt 中声明。

用法示例

cd sanger-chromatogram-qa
python -m py_compile scripts/main.py
python scripts/main.py --help

示例执行步骤：

确认用户输入、输出路径以及任何必需的配置项。
如脚本使用固定配置，编辑文件内的 CONFIG 区块或已文档化的参数。
使用已校验的输入运行 python scripts/main.py。
复核生成的输出结果，交付最终结果时明确列出所做的假设。

实现说明

详见下方「## 工作流程」章节。

执行模型：校验请求、选择打包的工作流、产出边界明确的可交付结果。
输入控制：在运行任何脚本前，先确认来源文件、范围限制、输出格式与验收标准。
主要实现入口：scripts/main.py。
需先明确的参数：输入路径、输出路径、范围过滤条件、阈值以及任何领域特定约束。
输出规范：保证结果可复现，明确标注假设，避免未文档化的副作用。

快速检查

在深入执行前，用以下命令验证打包的脚本入口能否被正常解析。

python -m py_compile scripts/main.py

可审计命令

以下命令用于验证，均可直接运行，不含占位路径。

python -m py_compile scripts/main.py
python scripts/main.py --help

工作流程

在展开详细工作前，先确认用户目标、所需输入以及不可协商的约束条件。
校验请求是否符合已文档化的范围，若任务需要不受支持的假设，提前止步。
仅使用实际可获得的输入，走打包脚本路径或已文档化的推理路径。
返回结构化结果，将假设、可交付物、风险与未解决事项分开呈现。
若执行失败或输入不完整，切换到应急处理路径，并明确说明是什么阻碍了任务的完全完成。

典型用途

突变验证
克隆确认
基因分型质控
SNP 验证

输出内容

质量评分
混合峰（异质峰）检测
突变确认结果
是否建议重新测序

示例

在第 234 位检测到异质峰并给出提示

风险评估

| 风险指标 | 评估 | 等级 | |----------------|------------|-------| | 代码执行 | 本地执行 Python/R 脚本 | 中 | | 网络访问 | 无外部 API 调用 | 低 | | 文件系统访问 | 读取输入文件、写入输出文件 | 中 | | 指令篡改 | 标准提示词规范 | 低 | | 数据暴露 | 输出文件保存至工作目录 | 低 |

安全检查清单

[ ] 无硬编码凭据或 API 密钥
[ ] 无未授权的文件系统访问（../）
[ ] 输出不暴露敏感信息
[ ] 已具备提示注入防护
[ ] 输入文件路径已校验（无 ../ 路径穿越）
[ ] 输出目录限制在工作目录内
[ ] 脚本在沙箱环境中执行
[ ] 错误信息已做脱敏处理（不暴露堆栈跟踪）
[ ] 依赖项已审计

前置条件


# Python 依赖
pip install -r requirements.txt

评估标准

成功指标

[ ] 成功执行核心功能
[ ] 输出符合质量标准
[ ] 能优雅处理边界情况
[ ] 性能表现可接受

测试用例

基本功能：标准输入 → 预期输出
边界情况：无效输入 → 优雅的错误处理
性能：大数据集 → 可接受的处理时间

生命周期状态

当前阶段：草稿（Draft）
下次审阅日期：2026-03-06
已知问题：无
计划改进：
- 性能优化
- 增加更多功能支持

输出要求

每次最终回复在相关时都应明确说明以下内容：

目标或所需交付物
使用的输入以及引入的假设
工作流程或决策路径
核心结果、建议或产出物
约束条件、风险、注意事项或需要验证的内容
未解决事项及后续检查项

错误处理

若缺少必需输入，明确说明具体缺失的字段，并只索要最必要的补充信息。
若任务超出本技能记录的范围，应停止处理，而不是猜测或悄悄扩大任务范围。
若 scripts/main.py 执行失败，报告失败发生的位置，总结哪些部分仍可安全完成，并给出人工兜底方案。
不要编造文件、引用、数据、检索结果或执行结果。

输入校验

本技能接受与 sanger-chromatogram-qa 已文档化用途相符、且包含足够上下文以安全完成工作流的请求。

若请求超出范围、缺少关键输入，或需要不受支持的假设，不要继续执行工作流，而是回复：

sanger-chromatogram-qa 仅处理其文档化的工作流。请补充缺失的必需输入，或改用更合适的技能。

响应模板

对于非简单请求，使用以下固定结构：

目标
已获得的输入
假设
工作流程
交付物
风险与限制
后续检查项

如果请求比较简单，可以精简结构，但涉及正确性的假设与限制仍需明确列出。

Sanger测序色谱图质量评估