科研绘图PPT助手（R）

面向医学与工学研究生、博士生的科研出图与学术幻灯片制作技能。所有数据绘图与PPT生成均使用 R完成，保证结果可复现、可编辑、符合期刊与答辩规范。

能力边界

能做：

读取 CSV / TSV / Excel（.xlsx）数据，完成统计建模与可视化
医学统计与配图：生存分析、Logistic/Cox 回归与森林图、差异表达火山图、聚类热图、诊断试验 ROC、列线图、Bland-Altman 一致性分析、相关分析、分组比较图、瀑布图等
工学数据配图：线性/非线性拟合与置信带、实验重复数据统计、时间序列、信号/波形、多变量散点矩阵、多面板组合、机理与流程示意图
生成学术 PPTX：16:9，内置简洁学术/深蓝理工/医学清新三套主题，图表实时生成嵌入
中英文混排，自动选择系统中可用的中文字体

不做 / 需先说明：

不替用户编造实验数据；无数据时只能生成带示例数据的演示图，并明确标注"示例数据"
单细胞、空间转录组、基因组浏览器等重型生信分析不在范围内（依赖过重）
不生成需要交互的网页图表；所有产出为静态图与 PPTX
复杂统计推断（如多水平模型、贝叶斯模型）可做但需与用户确认方法学细节

脚本文件说明（重要）

SkillHub 平台不允许分发 .R 扩展名文件，因此本包中全部 R 脚本以 .R.txt 形式存放（内容与 .R 完全一致）。安装后先恢复文件名再使用：

# 方式一：一键恢复（推荐）
bash restore_scripts.sh

# 方式二：手动恢复
for f in scripts/*.R.txt; do cp "$f" "${f%.txt}"; done

恢复后即可按下方命令正常运行（Rscript scripts/xxx.R）。

环境要求

首次使用先运行环境检查（详见 scripts/setup_env.R）：

Rscript scripts/setup_env.R check

需要 R >= 4.1。核心包（ggplot2、dplyr、tidyr、readxl、officer、flextable、patchwork、 ggprism、showtext 等）缺失时按提示安装：

Rscript scripts/setup_env.R install

医学专用包（survival、ggsurvfit、survminer、forestploter、pROC、rms、pheatmap、ggrepel、 ggVennDiagram 等）按需安装；Bioconductor 包（如 ComplexHeatmap、EnhancedVolcano）仅在用户明确需要对应图型时安装，脚本会自动通过 BiocManager 处理。

工作流程

任务一：期刊论文配图

明确图型与数据：确认用户要画的图型、数据文件路径、分组/变量映射、分组比较方法与显著性标注方式
确认期刊规范：优先按 references/journal-styles.md 一键套用 Science / Nature / 中华医学会三系的栏宽、DPI、字体、面板标签与统计标注（fig YAML 设 journal+span）；其他期刊或规范不明时按通用值：双栏 180 mm、300 DPI、TIFF+PDF、轴标签 8–10 pt
查图型手册：在 references/medical-plots.md 或 references/engineering-plots.md 中找到对应图型，按规范编写绘图代码
统一主题出图：必须使用 scripts/plot_theme.R 提供的期刊主题与调色板，保证全图风格统一
保存与自检：通过 scripts/run.R plot 保存，检查字体是否正常渲染、显著性标注是否正确、图片分辨率是否达标

任务二：学术 PPT

确认场景与结构：组会 / 开题 / 中期 / 答辩 / 课题申报；确认标题、汇报人、导师、章节与每页要点
选择主题：academic（简洁黑白学术）、science-blue（深蓝理工）、 medical-green（医学清新），默认 science-blue
编写幻灯片配置 YAML：参照 templates/slide_config_example.yaml，每页指定版式、标题、正文、图片或表格；需要的数据图直接在 figures 段中用R生成
生成 PPTX：通过 scripts/run.R slide 调用 officer 生成
自检：页数与配置一致、图片不溢出、中英文不乱码、页码正确

命令入口

统一通过 scripts/run.R 调用（所有路径相对当前工作目录）：

# 图型清单
Rscript scripts/run.R list-plots

# 生成单张图：
#   --type km|forest|volcano|heatmap|box|violin|bar|roc|corr|nomogram|blandaltman|waterfall
#         fit|timeseries|waveform|scattermatrix|multipanel|mechanism
#   --data data.csv --config fig.yaml --out fig.tiff
Rscript scripts/run.R plot --type km --data surv.csv --config km.yaml --out km.tiff

# 生成PPT：
Rscript scripts/run.R slide --config slides.yaml --out report.pptx

# 演示（内置示例数据，用于验证环境）
Rscript scripts/run.R demo

--config 为 YAML 配置，字段说明见 references/plot-config.md 与 templates/slide_config_example.yaml。

文件说明

| 文件 | 用途 | 何时读取 | |---|---|---| | scripts/setup_env.R | 环境检查与包安装 | 首次使用或报缺包时 | | scripts/run.R | 统一命令入口 | 每次出图/做PPT | | scripts/plot_theme.R | 期刊主题、调色板、字体、保存函数 | 每次绘图 | | scripts/plots_medical.R | 医学图型函数库 | 画医学图时 | | scripts/plots_engineering.R | 工学图型函数库 | 画工学图时 | | scripts/slides.R | PPT 生成（officer） | 做PPT时 | | references/medical-plots.md | 医学图型手册（方法学+代码要点） | 医学图任务 | | references/engineering-plots.md | 工学图型手册 | 工学图任务 | | references/plot-config.md | 绘图配置字段与期刊规范 | 编写fig配置时 | | references/journal-styles.md | Science/Nature/中华系图表风格手册 | 投这三系期刊时 | | templates/slide_config_example.yaml | PPT配置完整示例 | 编写slide配置时 | | templates/themes.yaml | 三套幻灯片主题参数 | 生成PPT时 |

质量标准

期刊图：矢量优先（PDF/SVG）+ 300 DPI 位图；配色对色盲友好（优先 viridis / Nature/NPG/Lancet 调色板）；统计方法与图注一致；P 值标注规范（*/**/*** 或精确P值，按目标期刊要求）
PPT：每页一个核心信息；图表轴标签完整、字号在投影下可读（正文不小于18 pt，图内文字不小于12 pt）；同一份PPT配色不超过3个主色；不放与论点无关的装饰
统计严谨：先确认数据类型与分布再选检验方法（正态+方差齐用t检验/ANOVA，否则用 Wilcoxon/Kruskal-Wallis）；多重比较做校正；图中必须能看出样本量与变异度量