Molecule Visualization (ChimeraX, PyMOL)

🚀 Molecule - MCP

Molecule - MCP 是一个用于分子科学相关工具与Claude AI之间的模型上下文协议（Model Context Protocol, MCP）服务器。它将分子科学研究工具与Claude AI相连接，让Claude能够直接操控这些工具，成为科学家的得力合作伙伴，实现提示辅助分子建模。

🚀 快速开始

Molecule - MCP可使Claude AI与分子科学研究工具集成，实现提示辅助分子建模。

📦 安装指南

⚠️ 重要提示

Molecule - MCP要求Claude Desktop已安装并运行。

1. 打开Claude > 设置 > 开发者 > 编辑配置 > claude_desktop_config.json，添加以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/pymol_server.py"
      ]
    },
    "chimerax": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/ChimeraX_server.py"
      ]
    },
    "gromacs_copilot": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/mcp_server.py"
      ]
    }
  }
}

2. 安装mcp并获取脚本

pip install "mcp[cli]" chatmol
pip install git+https://github.com/ChatMol/gromacs_copilot.git # 可选，用于运行gromacs_copilot
which mcp

mcp的路径将被显示。复制该路径并替换/path/to/mcp。

git clone https://github.com/ChatMol/molecule-mcp.git
cd molecule-mcp
pwd

分子 - MCP的路径将被显示。复制该路径并替换/path/to/molecule-mcp。

📄 免责声明

Molecule - MCP是“现状”提供，不作任何形式的担保，明示或暗示。作者和贡献者放弃所有保证，包括但不限于对商品适用性和特定用途的隐含保证。用户自行承担使用此软件的风险。

作者不对因使用、误用或误解此软件或其输出而产生的任何后果负责。通过Molecule - MCP获得的结果应在研究、出版物或决策过程中独立验证。

本软件仅用于研究和教育目的。用户完全负责确保遵守其管辖区内的适用法律、法规和伦理标准。