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PubMed Medical Literature Research

一个基于PubMed数据库的高级医学文献研究工具,提供搜索、分析和检索学术医学论文的功能,包括文献搜索、详细元数据获取、引用生成和研究者统计等功能。

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README

🚀 医学文献研究工具

本工具专为医学领域打造,可依据主题和研究人员姓名搜索医学文献,还能检索出版物详细信息、生成引用、分析研究人员出版统计等,具备高级错误处理机制和详细性能指标,为医学研究提供有力支持。

🚀 快速开始

安装步骤

  1. 克隆此仓库:
    git clone <repository-url>
    cd medical-literature-tool
    
  2. 安装依赖项:
    pip install -r requirements.txt
    
  3. 若需配置,可在项目根目录下创建 .env 文件。

使用方法

  1. 启动服务器:
    mcp run pubmed_server.py
    
    若处于开发模式,可使用:
    mcp dev pubmed_server.py
    
  2. 也可将服务器添加到您的 MCP 客户端配置中。

✨ 主要特性

  • 支持使用主题和研究人员姓名搜索医学文献。
  • 能够检索包含结构化元数据的全面出版物信息。
  • 可生成格式化的引用信息。
  • 能分析研究人员的出版统计信息和模式。
  • 具备高级错误处理机制,包含重试功能。
  • 提供详细的性能指标。

📄 API 文档

1. find_articles

  • 功能:搜索符合指定主题和研究人员的医学文献。
  • 参数
    • topics (List[str]):医学术语或关键词,将在标题和摘要中搜索。
    • researchers (List[str]):研究人员/作者姓名。
    • result_limit (int):返回结果的最大数量(默认:15)。
  • 返回值:包含搜索结果、元数据和性能指标的字典。

2. get_publication_details

  • 功能:检索特定出版物的详细信息,包括格式化的引用。
  • 参数
    • article_id (str):要检索的文章的 PubMed ID。
  • 返回值:包含详细文章元数据和引用的字典。

3. get_article_statistics

  • 功能:分析特定研究人员的出版模式。
  • 参数
    • researcher (str):要分析的研究人员/作者姓名。
  • 返回值:包含出版统计信息(包括总数量、顶级期刊和出版年份)的字典。

🔧 技术细节

该服务器采用 robust architecture 实现:

  • 面向对象的设计:通过类进行代码组织,使代码结构更清晰,易于维护和扩展。
  • 高级错误处理:具备请求重试机制,确保 API 在遇到错误时能自动重试,提高 API 的可靠性。
  • 性能监控:记录搜索操作的时间和指标,方便对系统性能进行评估和优化。
  • 增强的数据结构:采用嵌套 JSON 响应,包含丰富的元数据,为用户提供更全面的信息。
  • 日志系统:带有详细错误跟踪的轮转日志,便于排查和解决系统运行过程中出现的问题。
  • 模块化组件:在查询构建、API 请求和数据解析之间分离关注点,降低代码耦合度,提高代码的可维护性和可测试性。
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运行方式说明

cloud

托管运行

托管运行通常表示这个 MCP Server 由服务方环境承载,用户一般按页面提供的连接方式或授权流程接入,不需要在本地长期启动一个 MCP 进程

  1. 打开服务方连接页
  2. 完成授权或复制端点
  3. 在 MCP 客户端中连接
terminal

本地运行 / 其它方式

本地运行通常需要用户在自己的电脑或服务器上安装依赖,把 server_config 复制到 MCP 客户端,并按 env_schema 补齐环境变量、密钥或其它配置

  1. 复制 server_config
  2. 安装所需依赖
  3. 补齐环境变量后重启客户端