scanpy-mcp

🚀 Scanpy MCP服务器

Scanpy MCP服务器是专门为单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析软件Scanpy打造的，它创新性地支持自然语言处理，为scRNA-Seq分析带来了更便捷、高效的体验。

🚀 快速开始

Scanpy MCP服务器支持自然语言处理，让单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析更便捷。以下是快速上手步骤：

安装

从PyPI安装：

pip install scanpy-mcp

您可以通过运行以下命令进行测试：

scmcp run

本地运行scanpy-server

在您的MCP客户端中参考以下配置：

"mcpServers": {
  "scanpy-mcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

远程运行scanpy-server

在服务器上运行：

scmcp run --transport sse --port 8000

然后配置您的MCP客户端，例如：

http://localhost:8000/sse

✨ 主要特性

• 输入输出模块：使用自然语言读取和写入scRNA-Seq数据。
• 预处理模块：涵盖过滤、质量控制、归一化、缩放、高可变基因检测、PCA、邻居分析等功能。
• 工具模块：提供聚类、差异表达分析等实用工具。
• 绘图模块：可生成小提琴图、热图、点图等。

❓ 适用人群

• 所有希望通过自然语言进行scRNA-Seq分析的用户。
• 开发人员，希望在他们的应用程序中调用Scanpy函数。

🌐 使用场景

您可以在大多数支持MCP的AI客户端、插件或代理框架中使用scanpy-mcp：

• AI客户端，如樱桃工作室。
• 插件，如Cline。
• 代理框架，如Agno。

🎬 演示

这里有一个演示视频，展示了在AI客户端Cherry Studio中使用自然语言进行scRNA-Seq细胞聚类分析的过程。 链接

🤝 贡献与联系

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