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biorxiv

bioRxiv MCP服务器为AI助手提供访问bioRxiv预印本库的桥梁,支持论文搜索、元数据获取等功能,助力生物科学研究。

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README

🚀 bioRxiv MCP 服务器

bioRxiv MCP 服务器允许 AI 助手通过简单的 MCP 界面搜索和访问 bioRxiv 论文。它借助模型上下文协议(MCP),为 AI 模型搭建了一座连接到 bioRxiv 预印本仓库的桥梁,使 AI 能够快速搜索生物学预印本并程序化地获取其元数据。

🚀 快速开始

先决条件

  • Python 3.10+
  • FastMCP 库

安装

  1. 克隆仓库:
    git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
    cd bioRxiv-MCP-Server
    
  2. 安装所需依赖项:
    pip install -r requirements.txt
    

通过 Smithery 安装

要自动为 Claude Desktop 安装 bioRxiv Server,请使用 Smithery

claude

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

在设置 → Cursor 设置 → MCP 中添加新的服务器:

  • Mac/Linux
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

使用 Claude Desktop 时,请将以下配置添加到 claude_desktop_config.json 中: (Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "bioRxiv_web_search"]
    }
  }
}

📥 安装后设置

确保 Python 已添加到系统路径中。

✨ 主要特性

  • 🔎 论文搜索:使用关键词或高级搜索查询 bioRxiv 论文 ✅
  • 🚀 高效检索:快速访问论文元数据 ✅
  • 📊 元数据访问:获取特定论文的详细信息 ✅
  • 📊 研究支持:促进生物科学的研究与分析 ✅
  • 📄 论文访问:下载并阅读论文内容 📝
  • 📋 论文列表:查看所有已下载的论文 📝
  • 🗃️ 本地存储:将论文保存到本地以加快访问速度 📝
  • 📝 研究提示:用于论文分析的一组专用提示 📝

💻 使用示例

基本用法

在终端中运行:

python -m biorxiv_mcp_server

或者

python -m bioRxiv_web_search

🔧 技术细节

依赖项

  • Python 3.10+
  • FastMCP
  • asyncio
  • logging

🤝 贡献

欢迎贡献!请随意提交拉取请求。

📄 许可证

本项目根据 MIT 许可证授权。

⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请尊重 bioRxiv 的服务条款,并负责任地使用此工具。

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运行方式说明

cloud

托管运行

托管运行通常表示这个 MCP Server 由服务方环境承载,用户一般按页面提供的连接方式或授权流程接入,不需要在本地长期启动一个 MCP 进程

  1. 打开服务方连接页
  2. 完成授权或复制端点
  3. 在 MCP 客户端中连接
terminal

本地运行 / 其它方式

本地运行通常需要用户在自己的电脑或服务器上安装依赖,把 server_config 复制到 MCP 客户端,并按 env_schema 补齐环境变量、密钥或其它配置

  1. 复制 server_config
  2. 安装所需依赖
  3. 补齐环境变量后重启客户端