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AACT Clinical Trials

一个基于FastMCP框架的AACT临床试验数据库查询服务,提供对ClinicalTrials.gov数据的直接访问和分析功能。

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README

🚀 AACT 临床试验 MCP 服务器

这是一个基于 FastMCP 框架的模型上下文协议(MCP)服务器实现,可提供对 AACT(ClinicalTrials.gov 的综合分析数据库)的访问。借助该服务器,AI 助手能够直接从 ClinicalTrials.gov 数据库查询临床试验数据。

🚀 快速开始

若要使用此服务器,你需要配置必要的环境变量,具体如下:

  • DB_USER:你的 AACT 数据库用户名
  • DB_PASSWORD:你的 AACT 数据库密码

以下是与 Semantic Kernel 结合使用的示例代码:

from semantic_kernel import Kernel
from semantic_kernel.connectors.mcp import MCPStdioPlugin

# 创建一个 AACT 临床试验 MCP 插件
aact_mcp = MCPStdioPlugin(
    name="aact",
    description="临床试验数据库插件",
    command="uvx",
    args=["mcp-server-aact"],
    env={
        "DB_USER": "你的_aact_用户名", 
        "DB_PASSWORD": "你的_aact_密码"
    }
)

# 添加到 Semantic Kernel
kernel = Kernel()
kernel.add_plugin(aact_mcp)

✨ 主要特性

工具

  • list_tables
    • 获取所有可用表的概述,可用于在进行分析前了解数据库结构。
  • describe_table
    • 查看特定 AACT 表的详细结构,显示列名和数据类型。示例:{"table_name": "studies"}
  • read_query
    • 在 AACT 临床试验数据库上执行 SELECT 查询,安全处理 SQL 查询并进行验证。示例:{"query": "SELECT nct_id, brief_title FROM ctgov.studies LIMIT 5"}
  • append_insight
    • 记录分析过程中发现的关键见解,帮助构建分析叙述。示例:{"finding": "过去五年来,3 期肿瘤学试验增加了 15%"}

资源

  • schema://database:返回数据库模式的 JSON 资源。
  • memo://insights:返回会话中收集见解的格式化备忘录。

💻 使用示例

基础用法

以下是一些与该插件一起使用的示例提示:

  1. “乳腺癌临床试验中最常见的干预类型是什么?”
  2. “2023 年完成的 3 期临床试验有多少个?”
  3. “显示不同国家糖尿病试验的入组统计数据”
  4. “过去五年来,多少百分比的肿瘤学试验已经报告了结果?”

🔧 技术细节

此服务器使用以下技术构建:

  • FastMCP 进行模型上下文协议实现。
  • Python psycopg2 用于 PostgreSQL 数据库连接。
  • AACT 数据库作为 ClinicalTrials.gov 信息的数据源。

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证。

贡献

我们欢迎大家贡献代码!若你有相关想法,请:

  • 在 GitHub 上打开问题。
  • 开始讨论。
  • 邮件联系:jonas.walheim@navis-bio.com

致谢

这个项目受到了以下项目的启发并最初基于其代码:

感谢这些杰出的项目为我们指引方向!👏

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运行方式说明

cloud

托管运行

托管运行通常表示这个 MCP Server 由服务方环境承载,用户一般按页面提供的连接方式或授权流程接入,不需要在本地长期启动一个 MCP 进程

  1. 打开服务方连接页
  2. 完成授权或复制端点
  3. 在 MCP 客户端中连接
terminal

本地运行 / 其它方式

本地运行通常需要用户在自己的电脑或服务器上安装依赖,把 server_config 复制到 MCP 客户端,并按 env_schema 补齐环境变量、密钥或其它配置

  1. 复制 server_config
  2. 安装所需依赖
  3. 补齐环境变量后重启客户端