AnnData 单细胞数据管理

• 唯一标识：kdense-anndata
• 显示名称：AnnData 单细胞数据管理
• 能力摘要：使用 AnnData 管理带注释的实验矩阵及 .h5ad/Zarr 数据，将表达矩阵、细胞/基因元数据、低维表示、图和非结构化信息协调存储，支持稀疏矩阵、分批拼接和大数据后端模式。

案例素材

1. 单细胞 RNA 测序项目有三个批次。将 counts 放入 X，细胞条件写入 obs，基因注释放入 var，在拼接时记录 batch 字段，供后续 Scanpy 校正分析使用。
2. 共享数据集过大无法全量载入。以 backed mode 打开 h5ad，只筛选目标细胞群和必要基因，再将处理结果安全写入新文件。
3. 团队要把 PCA、UMAP 和邻接图交给同事。分别保存到 obsm、obsp 与 uns，避免把不同长度数组随意散落在 CSV 中导致行顺序错配。