宏基因组 Krona 分类图生成器

为宏基因组样本生成交互式旭日图，展示物种级别的丰度分布。

功能

• 支持 Kraken2、Bracken 等常见分类工具的输出格式
• 自动检测输入格式
• 生成交互式 HTML 旭日图
• 可配置最小百分比阈值和最大展示深度
• 不同分类层级用颜色区分

安装

cd skills/metagenomic-krona-chart
pip install plotly pandas

快速开始

# 基本用法
python scripts/main.py -i example/sample_kraken2.txt -o output.html

# 指定标题和阈值
python scripts/main.py -i report.txt -o krona.html \
    --title "样本 A 宏基因组分析" \
    --min-percent 0.1 \
    --max-depth 6

输入格式

Kraken2 / Bracken 格式

100.00  1000000 0   U   0   unclassified
 99.00  990000  0   R   1   root
 95.00  950000  0   D   2   Bacteria
 50.00  500000  0   P   1234    Proteobacteria
...

自定义 TSV 格式

taxon_id	name	rank	parent_id	reads	percent
2	Bacteria	domain	1	950000	95.0
1234	Proteobacteria	phylum	2	500000	50.0

输出特性

• 交互式旭日图，支持缩放和点击
• 悬停显示详细信息（reads 数、百分比、分类等级）
• 右侧图例显示各分类层级对应的颜色
• 响应式设计
• 独立的 HTML 文件，可离线查看

示例输出

运行后会生成 krona_chart.html，用浏览器打开即可查看交互式图表。