系统发育树美化工具

使用场景

• 当需要美化系统发育树、添加分类色块和 bootstrap 置信值时，使用本技能。
• 当数据分析任务需要明确假设、有界范围和可复现输出格式时，使用本技能。
• 当需要为缺失输入、执行错误或部分证据提供文档化备用路径时，使用本技能。

功能特性

美化系统发育树，添加物种分类色块、bootstrap 置信值和时间线。

• 以 Newick 格式解析进化树文件
• 支持显示 bootstrap 置信值，可设置阈值过滤低置信节点
• 通过 CSV 分类文件为叶节点添加 domain / phylum 色块
• 可选时间线模式（需提供根节点年龄，单位：百万年前 Mya）
• 输出格式：png、pdf、svg

依赖项

• Python 3.8+
• ete3
• matplotlib
• numpy
• pandas

安装依赖：

pip install ete3 matplotlib numpy pandas

示例用法

cd "20260318/scientific-skills/Data Analytics/phylogenetic-tree-styler"
python -m py_compile scripts/main.py
python scripts/main.py --help

执行步骤：

1. 确认用户提供的输入、输出路径及所需配置值。
2. 如脚本使用固定配置，编辑脚本内的 CONFIG 块或文档化参数。
3. 使用已验证的输入运行 python scripts/main.py。
4. 检查生成的输出，返回最终产物并标注所有假设。