Scanpy 单细胞转录组分析

• 唯一标识：kdense-scanpy
• 显示名称：Scanpy 单细胞转录组分析
• 能力摘要：以 AnnData 为载体执行单细胞 RNA 测序质量控制、归一化、高变基因选择、PCA/UMAP、邻居图、Leiden 聚类、标记基因与可视化，并保留可复现参数。

案例素材

1. 10x 样本存在低质量细胞。计算线粒体基因比例、UMI 和基因数，设定透明的过滤阈值，检查过滤前后分布后再做归一化。
2. 肿瘤微环境数据需识别细胞群。完成 PCA、邻居图和多个 Leiden 分辨率聚类，基于差异标记基因和已知生物学注释，而非只按 UMAP 颜色命名。
3. 合作者交来 Seurat RDS。先转换为 h5ad，核实细胞/基因方向和 batch 元数据，再进入 Scanpy 流程，防止格式转换中把计数层误用为归一化层。