使用CosinorPy余弦模型、MetaCycle（JTK_CYCLE, ARSER）和RAIN非参数测试，在时间序列组学数据中检测昼夜节律和超日节律。拟合余弦模型以估计相位和振幅，并在预设周期上测试节律性显著性。适用于在昼夜、进食-禁食或光照-黑暗循环实验中测试24小时或其他已知周期的振荡情况。不适用于未知周期的发现（参见temporal-genomics/periodicity-detecti…

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grey-haven-llm-project-development

使用经过验证的方法构建基于大语言模型的应用程序和管道——任务-模型匹配分析、管道架构、结构化输出、基于文件的状态以及成本估算。在构建AI功能、数据处理管道、代理或任何集成大语言模型的系统时使用。受Karpathy的方法论和生产案例研究启发。

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cody-article-writer

文章写作和草稿管理工具。激活以下确切命令：“显示我的草稿”，“显示我的存档”，“显示我的文章”，“列出我的写作风格”，“创建新的文章风格”，“编辑风格”，“删除风格”，“继续我的文章”，“重新导出”。此外，每当有人想要撰写、计划、概述或研究博客文章、文章、论文或思想领导力作品——任何关于某个主题的长篇书面内容时也激活。这包括像“我想写关于X”或“帮我构建一篇关于Y的文章结构”这样的非正式请求。涵盖…

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imaging-data-commons

使用idc-index从NCI影像数据共享中查询和下载公共癌症影像数据。用于访问大规模放射学（CT、MR、PET）和病理数据集，适用于AI训练或研究。无需认证。按元数据查询，在浏览器中可视化，检查许可证。

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gemini-interactions-api

在编写调用Gemini API进行文本生成、多轮对话、多模态理解、图像生成、流式响应、背景研究任务、函数调用、结构化输出，或从旧的generateContent API迁移的代码时，请使用此技能。此技能涵盖了Interactions API，这是在Python和TypeScript中使用Gemini模型和代理的推荐方式。

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bio-virtual-screening

使用AutoDock Vina 1.2进行基于结构的虚拟筛选以实现分子对接。准备受体PDBQT文件，生成配体构象，定义结合位点框，并根据预测的结合亲和力对化合物进行排序。当针对蛋白质结构筛选化学库以寻找潜在结合物时使用。

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bio-genome-annotation-eukaryotic-gene-prediction

使用BRAKER3结合RNA-seq和蛋白质证据，或使用GALBA仅基于蛋白质证据来预测真核生物基因组中的蛋白质编码基因。运行带有训练参数的Augustus以获得准确的基因模型。在注释新组装的真核生物基因组或改进现有的基因预测时使用。

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bio-single-cell-markers-annotation

使用Seurat（R）和Scanpy（Python）在单细胞RNA测序中寻找标记基因并注释细胞类型。用于集群之间的差异表达分析、识别特定于集群的标记、评分基因集以及分配细胞类型标签。当寻找标记基因和注释集群时使用。

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bio-workflows-biomarker-pipeline

从表达数据到验证生物标志物面板的端到端生物标志物发现工作流程。涵盖使用Boruta/LASSO进行特征选择、使用嵌套CV训练分类器以及SHAP解释。在从组学数据构建和验证诊断或预后生物标志物签名时使用。

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fetch-page

获取并总结一个网页

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sirv-api

Sirv REST API集成用于图像和文件管理。当与Sirv CDN工作时使用，包括上传/下载文件到Sirv、管理图像元数据、搜索文件、创建360度旋转视图、转换视频或执行任何Sirv API操作。涵盖身份验证、文件操作、元数据、搜索查询、异步任务以及账户管理。

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p-image

通过inference.sh CLI使用Pruna P-Image模型生成图像。模型包括：P-Image、P-Image-LoRA、P-Image-Edit、P-Image-Edit-LoRA。功能包括：文本转图像、图像编辑、LoRA风格、多图像合成、快速推理。Pruna在不损失质量的情况下优化了模型的速度。触发词：pruna, p-image, pruna image, fast image g…

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bio-sashimi-plots

使用ggsashimi或rmats2sashimiplot创建显示RNA-seq读取覆盖范围和剪接连接计数的生鱼片图。可视化具有分组样本和连接读取支持的差异剪接事件。在可视化特定剪接事件或验证差异剪接结果时使用。

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bio-epitranscriptomics-m6anet-analysis

使用m6Anet从Oxford Nanopore直接RNA测序中检测m6A修饰。在不使用免疫沉淀的情况下分析长读长RNA数据中的表观转录组修饰时使用。

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bio-machine-learning-biomarker-discovery

使用Boruta全相关选择、mRMR最小冗余和LASSO正则化为生物标志物发现选择信息性特征。在从高维度组学数据中识别生物标志物时使用。

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bio-single-cell-multimodal-integration

分析多模态单细胞数据（CITE-seq、Multiome、空间）。当处理每个细胞测量多个模态的数据时使用，例如RNA + 蛋白质或RNA + ATAC。在分析CITE-seq、Multiome或其他多模态单细胞数据时使用。

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bio-workflows-cytometry-pipeline

从FCS文件到差异分析的端到端流式细胞术工作流程。通过CATALYST/diffcyt协调补偿、转换、门控/聚类和统计测试。在端到端处理流式或质谱流式细胞数据时使用。

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run-research

当用户要求“研究一个主题”、“运行研究”、“最近30天”、“X发生了什么”、“人们在说X的什么”、“找到最好的X”、“X提示”、“关于X的最新消息”、“X新闻”、“人们推荐X的什么”、或想要知道近几周内任何主题的趋势、讨论或辩论时，应该使用此技能。

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sirv-ai-studio

使用Sirv AI Studio（www.sirv.studio）的指南，这是一个基于人工智能的图像和视频处理平台。当处理产品图片、去除背景、图像放大、AI生成、视频创建、批量处理或电子商务图像工作流程时，请使用此指南。在提到Sirv AI Studio、产品摄影、去除背景、图像放大、AI图像生成、批量图像处理或市场优化时触发。重要提示 - 如果有sirv-ai MCP工具可用（如sirv_rem…

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使用 yt-dlp 下载 YouTube 视频、音频或字幕。Use when user wants to 下载视频, 下载YouTube, youtube下载, 下载油管, download youtube, download video, 下载B站, bilibili下载.

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