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deeptools
NGS分析工具包。BAM到bigWig的转换，质量控制（相关性、PCA、指纹），热图/分布图（TSS、峰值），用于ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq可视化。
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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deepwork_jobs.learn
分析对话历史以改进工作指令并捕捉学习点。在执行完任务后使用以优化任务。
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deepwork_jobs.review_job_spec
使用子代理根据质量标准审核job.yml，以进行无偏验证。请在定义作业规范后使用。
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deepwork_rules.define
创建一个规则文件，当指定的文件发生变化时触发。在设置文档同步、代码审查要求或自动化命令时使用。
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default-workflow
功能、错误、重构的开发工作流程。对于多文件实现，自动激活。
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deer-sense
以温和的意识感知无障碍障碍。倾听森林的声音，扫描障碍物，测试路径，引导走向包容，并保护所有游荡者。在审核无障碍性、进行a11y测试或确保包容性设计时使用。
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defectdojo
指南，用于实施DefectDojo——一个开源的DevSecOps、ASPM（应用安全程序管理）和漏洞管理平台。在查询漏洞、管理发现结果、配置CI/CD流水线导入或处理安全扫描数据时使用。包括直接API交互的MCP工具。
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deferred-finding
当审查发现的问题无法在当前PR中修复时使用 - 创建具有完整上下文的适当文档化的跟踪问题，并链接到父问题，遵循完整的基于问题驱动的开发流程
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deepwork_jobs.implement
根据job.yml规范生成步骤指令文件并同步斜杠命令。在作业规范审查通过后使用。
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deepwork_jobs.define
通过结构化问题收集工作流程需求来创建job.yml规范。在开始新的多步骤工作流程时使用。
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deepwork_jobs.learn
分析对话历史以改进工作指令并捕捉学习点。在运行工作后使用以优化它。
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deepwork_rules.define
创建一个规则文件，当指定的文件发生变化时触发。在设置文档同步、代码审查要求或自动化命令时使用。
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default-workflow
功能、错误、重构的开发工作流程。对于多文件实现自动激活。
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deepwork_rules
创建文件变更规则，以便在AI会话期间实施指南。在自动化文档同步或代码审查触发时使用。
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defense-in-depth
当无效数据导致执行过程中深层次的故障时使用，需要在多个系统层进行验证——在数据通过的每一层都进行验证，使得错误在结构上不可能发生
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deferred-finding
当审查发现的问题无法在当前PR中修复时使用 - 创建一个有完整上下文的、适当记录的跟踪问题，并将其与父问题关联，遵循完整的基于问题驱动的开发流程
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deepwork_jobs.implement
根据job.yml规范生成步骤说明文件并同步斜杠命令。在作业规范审查通过后使用。
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deepwork_jobs.define
通过结构化问题收集工作流程需求，创建job.yml规范。在开始新的多步骤工作流程时使用。
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deepwork_jobs.review_job_spec
使用子代理根据质量标准审核job.yml，以进行无偏验证。在定义了工作规范后使用。
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deepwork_rules
创建文件变更规则，以在AI会话期间强制执行指南。在自动化文档同步或代码审查触发时使用。
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def
快速定位符号定义（对于Python通过AST精确定位；对于其他语言提供保守的候选）并打印有界上下文包。
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Defense-in-Depth Validation
在数据通过的每一层进行验证，以使错误不可能发生
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defensive-bash
生产级防御性Bash脚本，用于服务器自动化、监控和DevOps任务。强调安全性、错误处理、幂等性和日志记录。
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define-issue
使用苏格拉底式提问创建定义明确的问题（错误、功能、任务），以消除歧义。在创建新的Linear或Jira问题时使用，或者当用户提到Linear、Jira，或需要定义具有适当验收标准和关系的工作项时使用。
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