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structured-autonomy-plan
结构化自主规划提示
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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create-architectural-decision-record
创建一个针对AI优化决策文档的架构决策记录(ADR)文档。
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project-workflow-analysis-blueprint-generator
全面的技术无关提示生成器，用于记录端到端的应用程序工作流程。自动检测项目架构模式、技术栈和数据流模式，以生成详细的实现蓝图，涵盖入口点、服务层、数据访问、错误处理和测试方法，支持包括.NET、Java/Spring、React和微服务架构在内的多种技术。
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bio-atac-seq-atac-peak-calling
使用MACS3和特定于ATAC的参数从ATAC-seq数据中调用可访问的染色质区域。当从对齐的ATAC-seq BAM文件中识别开放染色质区域时使用，这与ChIP-seq峰值调用不同。
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bio-clinical-databases-clinvar-lookup
通过REST API或本地VCF查询ClinVar以获取变异的致病性分类、审核状态和疾病关联。在确定变异用于诊断或研究目的的临床意义时使用。
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bio-clinical-databases-gnomad-frequencies
查询gnomAD以获取人群等位基因频率，评估变异的稀有性。在通过人群频率筛选变异进行罕见病分析或确定变异是否在一般人群中常见时使用。
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bio-crispr-screens-crispresso-editing
CRISPResso2用于分析CRISPR基因编辑结果。它可以量化插入缺失（indels）、HDR效率，并生成全面的编辑报告。在分析来自CRISPR编辑实验的扩增子测序数据以评估编辑效率时使用。
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bio-crispr-screens-jacks-analysis
JACKS（CRISPR/Cas9敲除筛选联合分析）用于建模sgRNA效率和基因必需性。当同时分析多个CRISPR筛选或考虑实验间sgRNA效率变化时使用。
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structured-autonomy-implement
结构化自主实施提示
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java-add-graalvm-native-image-support
GraalVM本地镜像专家，为Java应用程序添加本地镜像支持，构建项目，分析构建错误，应用修复，并按照Oracle的最佳实践迭代直到成功编译。
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web_extractor
目标网页 URL
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bio-causal-genomics-mendelian-randomization
使用TwoSampleMR通过将遗传变异作为工具变量来估计暴露与结果之间的因果效应。实现IVW、MR-Egger、加权中位数和MR-PRESSO方法，以从GWAS汇总统计数据中进行稳健的因果推断。当使用遗传工具测试暴露是否对结果有因果影响时，请使用此方法。
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bio-chipseq-motif-analysis
使用HOMER和MEME-ChIP进行从头基序发现和已知基序富集分析。在ChIP-seq、ATAC-seq或其他基因组峰数据中识别转录因子结合基序。当在峰序列中寻找富集的DNA基序时使用。
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bio-clinical-databases-pharmacogenomics
查询PharmGKB和CPIC以获取药物-基因相互作用、药物基因组学注释和剂量指南。在根据基因变异预测药物反应或实施临床药物基因组学时使用。
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bio-crispr-screens-mageck-analysis
MAGeCK（基于模型的全基因组CRISPR-Cas9敲除分析）用于汇集CRISPR筛选分析。涵盖计数标准化、基因排序和通路分析。在从脱落或富集筛选中识别必需基因、药物靶点或耐药机制时使用。
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bio-blast-searches
使用Biopython的Bio.Blast对NCBI数据库进行远程BLAST搜索。当识别未知序列、寻找同源物或在NCBI的nr/nt数据库中搜索序列相似性时，请使用此方法。
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centos-linux-triage
使用与RHEL兼容的工具、SELinux感知的做法和firewalld对CentOS问题进行分类和解决。
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nuget-manager
在.NET项目/解决方案中管理NuGet包。在添加、移除或更新NuGet包版本时使用此技能。它强制使用`dotnet` CLI进行包管理，并且仅在更新版本时提供严格的直接文件编辑程序。
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ide-adapter-skill
IDEAS (IDE Adapter Skill) - 通过WebSocket连接到IDE Adapter VS Code扩展，从而在CLI中使用VS Code的功能。当用户请求以下操作时，请使用此技能：在代码库中搜索/替换文本、查找符号定义或引用、获取诊断/错误/警告信息、列出文档中的符号、按名称搜索文件、查看git提交历史记录、比较文件版本（差异）、回滚文件到之前的git提交点，或者访问VS …
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bio-reaction-enumeration
通过使用RDKit的反应SMARTS转换枚举化学库。根据定义的化学反应从构建块生成虚拟化合物库，并进行产物验证。在创建组合库或枚举合成路线的产品时使用。
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bio-chipseq-super-enhancers
使用ROSE及相关工具从H3K27ac ChIP-seq数据中识别超级增强子。当研究细胞身份基因、与癌症相关的调控元件或聚集在大型增强子区域的主要转录因子结合区时使用。
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bio-clinical-databases-variant-prioritization
根据致病性、人群频率和临床证据筛选和优先排序变异，用于罕见疾病分析。在从外显子组或基因组测序中识别候选致病变异时使用。
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bio-crispr-screens-library-design
CRISPR文库设计用于基因筛选。涵盖sgRNA选择、文库组成、对照设计和寡核苷酸订购。在设计用于敲除、激活或干扰筛选的定制sgRNA文库时使用。
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bio-batch-downloads
通过使用历史服务器、批量处理和速率限制，从NCBI高效下载大型数据集。在执行批量序列下载、处理大量查询结果或生产规模的数据检索时使用。
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