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bio-entrez-link
使用Biopython的Bio.Entrez在NCBI数据库之间查找交叉引用。当从基因导航到蛋白质、序列到出版物、查找相关记录或发现数据库关系时使用。
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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bio-geo-data
使用Biopython的Bio.Entrez查询NCBI基因表达综合数据库（GEO）以获取表达数据集。当寻找微阵列/RNA-seq数据集、下载表达数据或将GEO系列链接到SRA运行时使用。
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bio-sra-data
使用SRA工具包从NCBI SRA下载测序数据。在从SRA访问号下载FASTQ文件、预取大数据集或验证SRA下载时使用。
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bio-ecological-genomics-species-delimitation
使用基于距离（ASAP）、基于树（bPTP、GMYC）和溯祖（BPP）方法从分子数据中界定物种边界。通过delimtools比较多种界定结果。在从DNA条形码数据中界定推定物种、解析隐存种复合体或验证分类学归属时使用。强调遵循整合分类学最佳实践的多方法共识。
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bio-genome-assembly-short-read-assembly
从Illumina短读段使用SPAdes进行从头基因组组装。涵盖细菌、真菌和小型真核生物的基因组组装，以及宏基因组和转录组组装模式。当从Illumina读段组装基因组时使用。
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bio-genome-intervals-bed-file-basics
BED文件格式基础、创建、验证及基本操作。涵盖从BED3到BED12格式、坐标系统、排序以及使用bedtools和pybedtools进行格式转换。在处理基因组坐标或为下游工具准备区间文件时使用。
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bio-longread-structural-variants
使用Sniffles、cuteSV和SVIM从长读长比对中检测结构变异。当从ONT或PacBio数据中检测缺失、插入、倒位、易位或复杂重排时使用，特别是那些短读长方法遗漏的变异。
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bio-metagenomics-kraken
使用Kraken2对宏基因组读段进行分类学分类。基于k-mer的快速分类，针对RefSeq数据库。在使用Bracken进行丰度估计之前，用于对鸟枪法宏基因组读段进行初步分类学分类。
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bio-entrez-fetch
使用Biopython的Bio.Entrez从NCBI数据库中检索记录。在下载序列、获取GenBank记录、获取文档摘要或将NCBI数据解析为Biopython对象时使用。
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bio-interaction-databases
通过它们的REST API和Python客户端查询包括STRING、BioGRID和IntAct在内的蛋白质-蛋白质和基因相互作用数据库。检索相互作用网络、置信度分数和功能富集。在构建蛋白质相互作用网络、将基因列表与已知相互作用进行上下文化，或检索路径层面的相互作用数据时使用。
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bio-ecological-genomics-conservation-genetics
通过有效种群大小估计（GONE2用于近期Ne轨迹，NeEstimator用于当代Ne，Stairway Plot 2和PSMC用于历史Ne）、F统计量（hierfstat）、纯合子连续片段（detectRUNS）以及遗传多样性指标来评估种群的遗传健康状况。当从微卫星或SNP数据中估计有效种群大小、检测近交或瓶颈效应、或评估受威胁物种的遗传多样性时使用。
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bio-expression-matrix-counts-ingest
从包括CSV、TSV、featureCounts、Salmon、kallisto和10X在内的多种格式加载基因表达计数矩阵。在导入量化结果以进行下游分析时使用。
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bio-genome-engineering-base-editing-design
使用编辑窗口优化和BE-Hive结果预测进行胞嘧啶和腺嘌呤碱基编辑的设计指南。选择C-to-T或A-to-G转换的最佳位置，而不会产生双链断裂。在设计精确核苷酸变化的碱基编辑实验时使用。
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bio-genome-intervals-interval-arithmetic
核心区间算术操作，包括交集、减法、合并、补集、映射和分组，使用bedtools和pybedtools工具。在寻找重叠区域、移除重叠、合并相邻区间或将注释在区间文件之间转移时使用。
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bio-metabolomics-targeted-analysis
使用MRM/SRM结合标准曲线进行靶向代谢组学分析。涵盖绝对定量、方法验证和质量评估。在使用校准曲线和内标量化特定代谢物时采用。
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bio-methylation-bismark-alignment
使用Bismark与bowtie2/hisat2进行亚硫酸氢盐测序读段比对。处理基因组准备并生成包含甲基化信息的BAM文件。在将WGBS、RRBS或其他亚硫酸氢盐转化的测序读段比对到参考基因组时使用。
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bio-entrez-search
使用Biopython的Bio.Entrez搜索NCBI数据库。当通过关键词查找记录、构建复杂的搜索查询、发现数据库结构或获取跨数据库的全局查询计数时，请使用此方法。
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bio-uniprot-access
访问UniProt蛋白质数据库以获取序列、注释和功能信息。在检索蛋白质数据、GO术语、域注释或蛋白质-蛋白质相互作用时使用。
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bio-epitranscriptomics-merip-preprocessing
对MeRIP-seq IP和输入样本进行比对和质量控制，用于m6A分析。在准备用于峰值检测或差异甲基化分析的MeRIP-seq数据时使用。
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bio-genome-assembly-long-read-assembly
从Oxford Nanopore或PacBio长读段使用Flye和Canu进行从头基因组组装。生成高度连续的组装结果，适用于完整的细菌基因组和解析复杂区域。在使用ONT或PacBio读段组装基因组时使用。
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bio-genome-engineering-hdr-template-design
使用primer3-py设计用于CRISPR敲入的同源定向修复供体模板。创建具有优化同源臂的单链寡核苷酸（ssODN）、双链DNA（dsDNA）或质粒模板。在设计用于精确插入、标记或等位基因替换的供体模板时使用。
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bio-genome-intervals-gtf-gff-handling
解析、查询和转换GTF和GFF3注释文件。使用gffread、gtfparse和gffutils提取基因、转录本和外显子坐标。在从基因注释中提取特定特征或将注释格式之间进行转换时使用。
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bio-metagenomics-functional-profiling
使用HUMAnN3及类似工具对宏基因组的功能潜力进行分析。当从宏基因组数据中获取通路丰度、基因家族计数或功能注释时使用。
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bio-metagenomics-amr-detection
使用AMRFinderPlus、ResFinder和CARD检测抗菌素耐药基因。筛选分离株和宏基因组中的耐药决定因子。在表征临床分离株、监测样本或宏基因组数据的耐药谱时使用。
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