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bio-microbiome-qiime2-workflow
用于16S/ITS扩增子分析的QIIME2命令行工作流程。是带有内置来源跟踪的DADA2/phyloseq R工作流程的替代方案。当偏好使用CLI而非R、需要可重复的来源记录或在QIIME2生态系统中工作时，请使用。
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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bio-phylo-tree-io
使用Biopython的Bio.Phylo读取、写入和转换系统发育树文件。在解析Newick、Nexus、PhyloXML或NeXML树格式，进行格式间转换，或处理多棵树时使用。
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bio-proteomics-dia-analysis
使用DIA-NN及其他工具进行数据非依赖性采集（DIA）蛋白质组学分析。适用于使用无库或基于库的工作流程对DIA质谱数据进行深度蛋白质组分析时。
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bio-proteomics-spectral-libraries
构建、管理和搜索蛋白质组学的光谱库。在创建或使用DIA分析的光谱库时使用。涵盖了基于DDA的库生成、预测库（Prosit, DeepLC）以及库格式。
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bio-restriction-enzyme-selection
使用Biopython的Bio.Restriction根据条件选择限制性内切酶。找到那些只切割一次、不切割、产生特定粘性末端、可商业购买或具有适合克隆的相容末端的酶。在为克隆或分析选择限制性内切酶时使用。
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bio-paired-end-fastq
使用Biopython处理双端FASTQ文件（R1/R2）。在处理Illumina配对读取、同步配对、交叉/解交叉或过滤配对数据时使用。
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bio-single-cell-batch-integration
使用Harmony、scVI、Seurat锚点和fastMNN整合多个scRNA-seq样本/批次。在保留生物学差异的同时去除技术变异。当需要整合多个scRNA-seq批次或数据集时使用。
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bio-spatial-transcriptomics-spatial-data-io
使用Squidpy和SpatialData从Visium、Xenium、MERFISH、Slide-seq及其他平台加载空间转录组数据。读取Space Ranger输出，转换格式，并访问空间坐标。在加载Visium、Xenium、MERFISH或其他空间数据时使用。
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bio-pathway-kegg-pathways
使用clusterProfiler的enrichKEGG和enrichMKEGG进行KEGG通路和模块富集分析。当需要识别基因列表中过度表达的代谢和信号通路时，请使用此方法。通过KEGG在线数据库支持4000多种生物体。
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bio-population-genetics-plink-basics
PLINK文件格式、格式转换以及群体遗传学的质量控制过滤。使用PLINK 1.9和2.0在VCF、BED/BIM/FAM及PED/MAP格式之间进行转换，应用MAF、基因分型率和HWE过滤器。在处理PLINK格式文件或运行质量控制时使用。
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bio-read-alignment-bwa-alignment
使用bwa-mem2（BWA-MEM的更快继任者）将DNA短读序列比对到参考基因组。在将DNA短读序列比对到参考基因组时使用。
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bio-read-alignment-hisat2-alignment
使用HISAT2（一种内存高效的拼接感知比对工具）对RNA-seq读段进行比对。当STAR的内存需求过高或进行一般的RNA-seq比对时使用。
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bio-rna-quantification-alignment-free-quant
使用Salmon或kallisto的伪比对量化转录本表达。在使用Salmon或kallisto量化转录本时使用。
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bio-read-sequences
使用Biopython的Bio.SeqIO读取生物序列文件（FASTA、FASTQ、GenBank、EMBL、ABI、SFF）。在解析序列文件、迭代多序列文件、对大文件进行随机访问或高性能解析时使用。
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bio-small-rna-seq-mirdeep2-analysis
使用miRDeep2从small RNA-seq数据中进行从头预测来发现新的miRNA并量化已知的miRNA。在识别新的miRNA或进行全面的miRNA谱型分析时使用。
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bio-pdb-geometric-analysis
使用Biopython的Bio.PDB对蛋白质结构进行几何计算。当测量距离、角度和二面角，叠加结构，计算RMSD或计算溶剂可及表面积(SASA)时使用。
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bio-phasing-imputation-reference-panels
下载、准备和管理用于阶段划分和基因填补的参考面板。涵盖1000基因组、HRC和TOPMed面板。在设置基因填补基础设施或为目标人群选择合适的参考面板时使用。
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bio-population-genetics-scikit-allel-analysis
使用scikit-allel进行Python群体遗传学研究。读取VCF文件，计算等位基因频率，计算多样性统计量，执行PCA，并使用GenotypeArray和HaplotypeArray数据结构运行选择扫描。在用Python分析群体遗传学时使用。
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bio-read-alignment-bowtie2-alignment
使用Bowtie2以本地或端到端模式比对短读段。支持有gap的比对。在比对ChIP-seq、ATAC-seq或需要灵活比对模式时使用。
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bio-reporting-jupyter-reports
使用papermill通过参数化创建可重复的生物信息学分析Jupyter笔记本。在生成自动化分析报告、运行基于笔记本的流程或创建可共享的计算笔记本时使用。
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bio-format-conversion
使用Biopython的Bio.SeqIO在序列文件格式（FASTA、FASTQ、GenBank、EMBL）之间进行转换。当需要更改文件格式或为不同工具准备数据时使用。
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bio-write-sequences
使用Biopython的Bio.SeqIO将生物序列写入文件（FASTA、FASTQ、GenBank、EMBL）。在保存序列、创建新的序列文件或输出修改后的记录时使用。
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bio-small-rna-seq-mirge3-analysis
使用miRge3快速进行miRNA定量，同时检测isomiR和A-to-I编辑分析。适用于快速定量已知的miRNAs或分析isomiR变体和RNA编辑。
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bio-pdb-structure-modification
使用Biopython的Bio.PDB修改蛋白质结构。当转换坐标、移除原子或残基、添加新实体、修改B因子和占有率，或者以编程方式构建结构时，请使用此方法。
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