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flow-next-prime
全面的代码库评估，以确保代理和生产就绪。扫描8个支柱（48个标准），验证命令是否有效，检查GitHub设置。报告所有问题，但仅修复代理就绪相关的问题。通过/flow-next:prime触发。
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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bio-alignment-msa-parsing
使用Biopython解析和分析多个序列比对。提取序列，识别保守区域，分析间隙，处理注释，并操作比对数据以进行下游分析。在解析或操作多个序列比对时使用。
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bio-alignment-msa-statistics
计算比对统计信息，包括序列同一性、保守得分、替换矩阵和相似度指标。在比较比对质量、测量序列差异以及分析进化模式时使用。
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bio-splicing-qc
使用RSeQC评估用于剪接分析的RNA-seq数据质量，包括接合饱和曲线、剪接位点强度评分和接合覆盖度指标。在评估数据是否适合进行剪接分析或解决低事件检测问题时使用。
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bio-flow-cytometry-bead-normalization
基于珠子的归一化方法适用于CyTOF和高参数流式细胞术。涵盖EQ珠子归一化、信号漂移校正以及批次间归一化。在纠正CyTOF仪器漂移或跨批次数据调和时使用。
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bio-sequence-statistics
使用Biopython计算序列统计信息（N50、长度分布、GC含量、总结报告）。在分析序列数据集、生成质量控制报告或比较组装结果时使用。
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parameter-optimization
通过实验设计（DOE）、敏感性分析和优化器选择来探索和优化仿真参数。可用于校准、不确定性研究、参数扫描、LHS采样、Sobol分析、代理建模或贝叶斯优化设置。
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nushell-pro
全面的Nushell脚本最佳实践、惯用法、安全性和代码审查。在编写、审查、审计或重构Nushell（.nu）脚本时使用，以确保它们遵循惯用模式、命名约定、正确的类型注解、函数式风格、安全性最佳实践以及Nushell独特的设计原则。当任务涉及Nushell脚本、模块、自定义命令、管道或任何.nu文件编辑时触发。还帮助将Bash/POSIX脚本转换为惯用的Nushell。涵盖类型系统、数据操作、性能优…
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flow-next-work
系统地执行Flow史诗或任务，包括git设置、任务跟踪、质量检查和提交工作流。在实施计划或处理规范时使用。触发条件为/flow-next:work，并带有Flow ID（如fn-1-add-oauth, fn-1-add-oauth.2, 或旧版的fn-1, fn-1.2, fn-1-xxx, fn-1-xxx.2）。
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bio-alignment-filtering
通过使用samtools view和pysam，根据标志、比对质量和区域来过滤比对。在提取特定读取、移除低质量比对或子集到目标区域时使用。
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bio-duplicate-handling
使用samtools fixmate和markdup标记并移除PCR/光学重复。在准备用于变异检测的比对或当重复读取会偏倚分析时使用。
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bio-atac-seq-differential-accessibility
使用DiffBind或DESeq2找到不同条件之间差异可及的染色质区域。在比较ATAC-seq实验中处理组、细胞类型或发育阶段之间的染色质可及性时使用。
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bio-flow-cytometry-gating-analysis
手动和自动设门以在流式细胞术中定义细胞群体。涵盖矩形、多边形和数据驱动的设门。在通过分层设门策略识别细胞群体时使用。
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tmux-cli-test
使用tmux会话交互式地测试CLI应用程序。当测试TUI应用（如ratatui仪表板、交互式提示）、验证CLI命令输出、测试键盘导航或验证终端渲染时使用。在tmux中启动命令，等待条件（从不休眠），捕获帧，发送按键，并对输出进行断言。特别为gpu-cli设计，但适用于任何CLI。当被要求测试、验证或质量保证任何基于终端的UI或CLI命令流程时，请使用此技能。
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analyze-logs
分析来自.evlog/logs/目录的应用程序日志。在调试错误、调查慢请求、理解请求模式或回答有关应用程序行为的问题时使用。读取由evlog的文件系统排水器写入的结构化NDJSON宽事件。
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nushell-pro
全面的Nushell脚本最佳实践、惯用法、安全性及代码审查。在编写、审查、审计或重构Nushell（.nu）脚本时使用，以确保它们遵循惯用模式、命名约定、正确的类型注解、函数式风格、安全最佳实践以及Nushell的独特设计原则。当任务涉及Nushell脚本、模块、自定义命令、管道或任何.nu文件编辑时触发。同时帮助将Bash/POSIX脚本转换为惯用的Nushell格式。涵盖类型系统、数据操作、性…
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pr-poll
管理用于自动通知和自动回复的PR审查轮询守护进程
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bio-alignment-sorting
使用samtools和pysam按照坐标或读段名称对齐文件进行排序。在准备用于建立索引、变异检测或双端分析的BAM文件时使用。
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bio-alignment-validation
通过插入大小分布、正确的配对率、GC偏差、链平衡以及其他比对后指标来验证比对质量。在变异检测或定量之前验证比对数据质量时使用。
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bio-splicing-quantification
从RNA-seq数据中使用SUPPA2从转录本TPM或rMATS-turbo从BAM文件量化可变剪接事件（PSI/百分比剪接）。计算跳过外显子、替代剪接位点、互斥外显子和保留内含子的包含水平。在测量RNA-seq数据中的剪接位点使用情况或异构体比率时使用。
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bio-gene-regulatory-networks-coexpression-networks
构建加权基因共表达网络，以识别共调控基因模块，并使用WGCNA和CEMiTool将它们与表型关联起来。从批量或单细胞表达数据中检测枢纽基因和模块-性状关系。在寻找共表达模块、识别枢纽基因或将基因网络与临床或实验变量关联时使用。
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mesh-generation
规划并评估数值模拟中的网格生成。在选择网格分辨率、检查纵横比/偏斜度、估计网格质量约束或计划用于PDE离散化的自适应网格细化时使用。
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review-logging-patterns
审查代码中的日志模式，并建议采用evlog。指导在Nuxt、Next.js、SvelteKit、Nitro、TanStack Start、NestJS、Express、Hono、Fastify、Elysia、Cloudflare Workers以及独立的TypeScript中设置。检测控制台日志垃圾信息、非结构化错误和缺失的上下文。涵盖广泛的事件、结构化错误、排水适配器（Axiom、OTLP、Po…
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android-review
审查并提出改进建议Android/Kotlin代码。在需要代码审查、安卓审查或Kotlin审查时使用。
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