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cobrapy
基于约束的代谢建模（COBRA）。FBA、FVA、基因敲除、通量采样、SBML模型，用于系统生物学和代谢工程分析。
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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cirq
用于构建、模拟、优化和执行量子电路的量子计算框架。在处理量子算法、量子电路设计、量子模拟（无噪声或有噪声）、在量子硬件上运行（如Google、IonQ、AQT、Pasqal）、电路优化与编译、噪声建模与表征，或是进行量子实验与基准测试（如VQE、QAOA、QPE、随机基准测试）时使用这项技能。
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latchbio-integration
生物信息学工作流程的Latch平台。使用Latch SDK、@workflow/@task装饰器构建管道，部署无服务器工作流，支持LatchFile/LatchDir，集成Nextflow/Snakemake。
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opentrons-integration
用于Flex/OT-2机器人的实验室自动化平台。编写Protocol API v2协议，液体处理，硬件模块（加热摇床、热循环仪），实验器材管理，以实现自动移液工作流程。
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pymatgen
材料科学工具包。晶体结构（CIF、POSCAR）、相图、能带结构、态密度、与Materials Project集成、格式转换，用于计算材料科学。
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protocolsio-integration
与protocols.io API集成以管理科学协议。当使用protocols.io搜索、创建、更新或发布协议；管理协议步骤和材料；处理讨论和评论；组织工作区；上传和管理文件；或将protocols.io功能集成到工作流程中时，应使用此技能。适用于协议发现、协作协议开发、实验跟踪、实验室协议管理和科学文档记录。
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data-exploration
系统化的数据库和表分析，适用于DBX Studio。当用户想要了解他们的数据、探索模式结构或分析数据集时使用。
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github-pr-issue
查看/更新 GitHub Issue、PR（含评论与 diff），并按团队规范非交互创建或修改 PR；涉及 GitHub Issue/PR 的操作时使用。
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cosmic-database
访问COSMIC癌症突变数据库。查询体细胞突变、癌症基因普查、突变特征、基因融合等，用于癌症研究和精准肿瘤学。需要认证。
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gene-database
通过E-utilities/Datasets API查询NCBI基因。通过符号/ID搜索，检索基因信息（RefSeqs、GO、位置、表型），批量查找，用于基因注释和功能分析。
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medchem
药物化学过滤器。应用类药性规则（Lipinski, Veber），PAINS过滤器，结构警报，复杂度指标，用于化合物优先级排序和库筛选。
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pdb-database
访问RCSB PDB以获取蛋白质/核酸的3D结构。通过文本/序列/结构进行搜索，下载坐标（PDB/mmCIF），检索元数据，用于结构生物学和药物发现。
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pydeseq2
差异基因表达分析（Python DESeq2）。从批量RNA-seq计数中识别差异表达基因，进行Wald检验、FDR校正，并生成火山图/MA图，用于RNA-seq分析。
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pyopenms
Python接口用于OpenMS的质谱数据分析。适用于LC-MS/MS蛋白质组学和代谢组学工作流程，包括文件处理（mzML、mzXML、mzTab、FASTA、pepXML、protXML、mzIdentML）、信号处理、特征检测、肽识别以及定量分析。在处理质谱数据、分析蛋白质组学实验或处理代谢组学数据集时使用。
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data-exploration-tool
系统化的数据库和表分析，适用于DBX Studio。当用户想要了解他们的数据、探索模式结构或分析数据集时使用。
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uniprot-database
直接通过REST API访问UniProt。支持蛋白质搜索、FASTA检索、ID映射、Swiss-Prot/TrEMBL等功能。对于涉及多个数据库的Python工作流，建议使用bioservices（统一接口访问40多种服务）。本方法适用于直接进行HTTP/REST操作或特定于UniProt的控制。
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brenda-database
通过SOAP API访问BRENDA酶数据库。检索动力学参数（Km, kcat）、反应方程式、生物体数据以及特定底物的酶信息，用于生化研究和代谢途径分析。
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hmdb-database
访问人类代谢组数据库（220K+代谢物）。通过名称/ID/结构搜索，检索化学性质、生物标志物数据、NMR/MS谱图、通路等信息，用于代谢组学研究和鉴定。
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metabolomics-workbench-database
通过REST API访问NIH代谢组学工作台（4,200多项研究）。查询代谢物、RefMet命名法、MS/NMR数据、m/z搜索、研究元数据，用于代谢组学和生物标志物发现。
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pymoo
多目标优化框架。NSGA-II、NSGA-III、MOEA/D、帕累托前沿、约束处理、基准测试（ZDT、DTLZ），用于工程设计和优化问题。
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pysam
基因组文件工具包。读取/写入SAM/BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件、FASTA/FASTQ序列文件，提取区域，计算覆盖率，用于NGS数据处理流程。
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string-database
查询STRING API以获取蛋白质-蛋白质相互作用（5900万种蛋白质，200亿个相互作用）。网络分析、GO/KEGG富集、相互作用发现、覆盖5000多个物种，适用于系统生物学。
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system-prompt
编辑或改进DBX Studio的AI聊天中使用的AI系统提示。当用户想要更改AI的回应方式、语气、工具使用顺序或回应格式时调用。
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tech-doc
技术协作场景下撰写与维护高质量技术文档的统一写作指南。
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