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pydeseq2
差异基因表达分析（Python DESeq2）。从批量RNA-seq计数中识别差异表达基因，进行Wald检验、FDR校正，并生成火山图/MA图，用于RNA-seq分析。
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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pymoo
多目标优化框架。NSGA-II、NSGA-III、MOEA/D、Pareto前沿、约束处理、基准测试（ZDT、DTLZ），用于工程设计和优化问题。
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pyopenms
完整的质谱分析平台。用于蛋白质组学工作流程特征检测、肽识别、蛋白质定量以及复杂的LC-MS/MS流程。支持广泛的文件格式和算法。最适合蛋白质组学，全面的MS数据处理。对于简单的光谱比较和代谢物ID使用matchms。
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qiskit
IBM量子计算框架。当针对IBM Quantum硬件、使用Qiskit Runtime处理生产工作负载或需要IBM优化工具时使用。最适合IBM硬件执行、量子错误缓解和企业级量子计算。对于Google硬件使用cirq；对于基于梯度的量子机器学习使用pennyllane；对于开放量子系统模拟使用qutip。
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rowan
基于云的量子化学平台，提供Python API。适用于包括pKa预测、几何优化、构象搜索、分子性质计算、蛋白质-配体对接（AutoDock Vina）和AI蛋白质共折叠（Chai-1, Boltz-1/2）在内的计算化学工作流程。当任务涉及量子化学计算、分子性质预测、DFT或半经验方法、神经网络势能（AIMNet2）、蛋白质-配体结合预测或自动化的计算化学管道时使用。提供云计算资源，无需本地设置。
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zarr-python
用于云存储的分块N维数组。压缩数组、并行I/O、S3/GCS集成、兼容NumPy/Dask/Xarray，适用于大规模科学计算流水线。
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scope-claims-reviewer
审查Scope和Claims处理的测试用例。涵盖openid范围要求、标准范围（profile、email、address、phone）、claims请求参数以及根据OIDC Core 1.0第5.4节和5.5节的声明类型。
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scope-handoffs
在为保持目标聚焦模式下的分叉对话创建交接文档时使用
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protocolsio-integration
与protocols.io API集成以管理科学协议。在使用protocols.io搜索、创建、更新或发布协议；管理协议步骤和材料；处理讨论和评论；组织工作区；上传和管理文件；或将protocols.io功能集成到工作流程中时，应使用此技能。适用于协议发现、协作协议开发、实验跟踪、实验室协议管理和科学文档编制。
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pylabrobot
与供应商无关的实验室自动化框架。当需要控制多种类型的设备（如Hamilton、Tecan、Opentrons、平板读取器、泵）或需要跨不同供应商进行统一编程时使用。最适合复杂的工作流程、多供应商设置和模拟。对于仅使用Opentrons协议并通过官方API的情况，opentrons-integration可能更简单。
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qutip
用于开放量子系统的量子物理模拟库。在研究主方程、Lindblad动力学、退相干、量子光学或腔QED时使用。最适合物理学研究、开放系统动力学和教育模拟。不适用于基于电路的量子计算——对于量子算法和硬件执行，请使用qiskit、cirq或pennylane。
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scientific-tdd
实用的测试驱动开发用于具有数值验证的科学代码
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statsmodels
用于Python的统计模型库。当您需要特定的模型类（如OLS、GLM、混合模型、ARIMA）以及详细的诊断信息、残差和推断时使用。最适合于计量经济学、时间序列分析、带有系数表的严格推断。对于具有APA报告的指导性统计测试选择，请使用statistical-analysis。
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vaex
使用此技能处理和分析超出可用RAM的大规模表格数据集（数十亿行）。Vaex擅长外部核心DataFrame操作、延迟计算、快速聚合、大数据的高效可视化以及大规模数据集上的机器学习。当用户需要处理大型CSV/HDF5/Arrow/Parquet文件、对大规模数据集执行快速统计、创建大数据可视化或构建不适合内存的ML管道时，请应用此技能。
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scope-discipline
在实现功能、编辑源代码或响应任务交接时使用。确保严格按照要求执行 - 不扩大范围，不添加“既然我在做”的内容。
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scope-definition
定义并记录试点任务和交付成果的边界、包含/排除标准及验收条件。用于明确试点活动的范围（包括在内或排除在外）、设定限制条件以及统一对相关方的期望。
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pymatgen
材料科学工具包。晶体结构（CIF、POSCAR）、相图、能带结构、态密度、Materials Project集成、格式转换，用于计算材料科学。
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pylabrobot
与供应商无关的实验室自动化框架。当需要控制多种类型的设备（如Hamilton、Tecan、Opentrons、平板读取器、泵）或在不同供应商之间需要统一编程时使用。最适合复杂的工作流程、多供应商设置和模拟。对于仅使用Opentrons协议并通过官方API的情况，opentrons-integration可能更简单。
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qiskit
IBM量子计算框架。当针对IBM Quantum硬件、使用Qiskit Runtime进行生产工作负载处理或需要IBM优化工具时使用。最适合IBM硬件执行、量子错误缓解和企业级量子计算。对于Google硬件，请使用cirq；对于基于梯度的量子机器学习，请使用pennylane；对于开放量子系统模拟，请使用qutip。
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simpy
基于过程的离散事件仿真框架在Python中。当构建包含过程、队列、资源以及基于时间的事件（如制造系统、服务运营、网络流量、物流或任何实体随时间与共享资源交互的系统）的系统仿真时，请使用此技能。
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string-database
查询STRING API以获取蛋白质-蛋白质相互作用（5900万种蛋白质，200亿个相互作用）。网络分析、GO/KEGG富集、相互作用发现、支持5000多种物种，适用于系统生物学。
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scode-graphite
如果项目中存在.git/.graphite_repo_config，始终使用此技能来创建PR以及管理git分支和提交。绝不要忘记这一点。
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scope-confirmation
功能範圍確認工具. Use for: (1) 測試/實作/需求不一致時的範圍確認, (2) 功能邊界不清時的澄清, (3) 防止範圍蔓延
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treatment-plans
生成简洁（3-4页）且重点突出的医疗治疗计划，以LaTeX/PDF格式适用于所有临床专科。支持一般性医疗处理、康复治疗、心理健康护理、慢性病管理、围手术期护理以及疼痛管理。包括SMART目标框架、基于证据的干预措施（带有最少的文字引用）、法规遵从性（如HIPAA）和专业排版。优先考虑简洁性和临床可操作性。
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