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deeptools
NGS分析工具包。BAM到bigWig的转换，质量控制（相关性、PCA、指纹），热图/分布图（TSS、峰），用于ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq可视化。
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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geo-database
访问NCBI GEO以获取基因表达/基因组数据。搜索/下载微阵列和RNA-seq数据集（GSE, GSM, GPL），检索SOFT/Matrix文件，用于转录组学和表达分析。
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gene-database
通过E-utilities/Datasets API查询NCBI基因。按符号/ID搜索，检索基因信息（RefSeqs、GO、位置、表型），批量查找，用于基因注释和功能分析。
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hypothesis-generation
从观察中形成结构化假设。当你有实验观察或数据，并需要形成可测试的假设、提出预测和机制，并设计实验来验证它们时使用。遵循科学方法框架。对于开放式构思，请使用科学头脑风暴；对于在数据集上进行自动化的LLM驱动的假设检验，请使用hypogenic。
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labarchive-integration
电子实验记录本API集成。访问笔记本，管理条目/附件，备份笔记本，与Protocols.io/Jupyter/REDCap集成，用于编程式ELN工作流程。
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opentrons-integration
官方Opentrons协议API适用于OT-2和Flex机器人。在为Opentrons硬件编写协议时使用，可以完全访问Protocol API v2的所有功能。最适合用于生产环境下的Opentrons协议，保证与官方API的兼容性。对于多供应商自动化或更广泛的设备控制，请使用pylabrobot。
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polars
快速的内存DataFrame库，适用于可以放入RAM的数据集。当pandas太慢但数据仍然可以放入内存时使用。惰性求值、并行执行、Apache Arrow后端。最适合1-100GB的数据集、ETL管道、更快的pandas替代方案。对于大于RAM的数据，请使用dask或vaex。
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pymatgen
材料科学工具包。晶体结构（CIF、POSCAR）、相图、能带结构、态密度、Materials Project集成、格式转换，用于计算材料科学。
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flowio
解析FCS（流式细胞术标准）文件v2.0-3.1。将事件提取为NumPy数组，读取元数据/通道，转换为CSV/DataFrame，用于流式细胞术数据的预处理。
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etetoolkit
系统发育树工具包（ETE）。树操作（Newick/NHX格式），进化事件检测，直系同源/旁系同源分析，NCBI分类学，可视化（PDF/SVG），适用于系统发育组学。
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gtars
高性能的基因组区间分析工具包，使用Rust语言编写，并提供了Python接口。适用于处理基因组区域、BED文件、覆盖轨迹、重叠检测、机器学习模型的标记化或计算基因组学和机器学习应用中的片段分析。
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gget
快速CLI/Python查询20多个生物信息学数据库。可用于快速查找：基因信息、BLAST搜索、AlphaFold结构、富集分析。最适合交互式探索和简单查询。对于批量处理或高级BLAST，请使用biopython；对于多数据库Python工作流，请使用bioservices。
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latchbio-integration
用于生物信息学工作流程的Latch平台。使用Latch SDK、@workflow/@task装饰器构建管道，部署无服务器工作流，支持LatchFile/LatchDir，集成Nextflow/Snakemake。
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lamindb
此技能应在使用LaminDB时应用，LaminDB是一个开源的生物数据框架，它使数据可查询、可追溯、可重现，并符合FAIR原则。当管理生物数据集（如单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术等）、跟踪计算工作流程、利用生物学本体进行数据管理和验证、构建数据湖仓一体系统或确保生物研究中的数据谱系和可重现性时，请使用此技能。涵盖数据管理、注释、本体（基因、细胞类型、疾病、组织）、模式验证、与工作流管理…
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pydeseq2
差异基因表达分析（Python DESeq2）。从批量RNA-seq计数中识别差异表达基因，进行Wald检验、FDR校正，并生成火山图/MA图，用于RNA-seq分析。
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pymoo
多目标优化框架。NSGA-II、NSGA-III、MOEA/D、Pareto前沿、约束处理、基准测试（ZDT、DTLZ），用于工程设计和优化问题。
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fda-database
查询openFDA API以获取药物、设备、不良事件、召回、监管提交（510k, PMA）、物质识别（UNII）等信息，用于FDA监管数据分析和安全研究。
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gwas-database
查询NHGRI-EBI GWAS目录以获取SNP-性状关联。通过rs ID、疾病/性状、基因搜索变异体，检索p值和汇总统计数据，用于遗传流行病学和多基因风险评分。
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geopandas
用于处理地理空间矢量数据（包括shapefiles、GeoJSON和GeoPackage文件）的Python库。在进行地理数据分析时使用，如空间分析、几何操作、坐标转换、空间连接、叠加操作、分级统计图映射，或任何涉及读取/写入/分析矢量地理数据的任务。支持PostGIS数据库、交互式地图以及与matplotlib/folium/cartopy的集成。可用于缓冲区分析、数据集之间的空间连接、边界溶解…
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gget
快速CLI/Python查询20多个生物信息学数据库。用于快速查找：基因信息、BLAST搜索、AlphaFold结构、富集分析。最适合交互式探索和简单查询。对于批量处理或高级BLAST，请使用biopython；对于多数据库的Python工作流，请使用bioservices。
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metabolomics-workbench-database
通过REST API访问NIH代谢组学工作台（4,200多项研究）。查询代谢物、RefMet命名法、MS/NMR数据、m/z搜索、研究元数据，用于代谢组学和生物标志物发现。
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pdb-database
访问RCSB PDB以获取蛋白质/核酸的3D结构。通过文本/序列/结构进行搜索，下载坐标（PDB/mmCIF），检索元数据，用于结构生物学和药物发现。
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protocolsio-integration
与protocols.io API集成以管理科学协议。在使用protocols.io搜索、创建、更新或发布协议；管理协议步骤和材料；处理讨论和评论；组织工作区；上传和管理文件；或将protocols.io功能集成到工作流程中时，应使用此技能。适用于协议发现、协作协议开发、实验跟踪、实验室协议管理和科学文档编制。
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pylabrobot
与供应商无关的实验室自动化框架。当需要控制多种类型的设备（如Hamilton、Tecan、Opentrons、平板读取器、泵）或需要跨不同供应商进行统一编程时使用。最适合复杂的工作流程、多供应商设置和模拟。对于仅使用Opentrons协议并通过官方API的情况，opentrons-integration可能更简单。
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