微信扫一扫personjakexiao无需 Key
bio-hi-c-analysis-hic-data-io
使用cooler格式加载、转换和操作Hi-C接触矩阵。读取.cool/.mcool文件，从.hic格式转换，访问矩阵数据，并导出为不同格式。在加载或转换Hi-C接触矩阵时使用。
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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bio-hi-c-analysis-matrix-operations
使用cooler和cooltools平衡、标准化和转换Hi-C接触矩阵。应用迭代校正（ICE），计算期望值，并生成观察/期望矩阵。在标准化或转换Hi-C矩阵时使用。
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bio-long-read-sequencing-clair3-variants
基于深度学习使用Clair3从长读段中进行SNP和小片段插入缺失的变异检测。当从ONT或PacBio比对中调用种系变异时使用，特别是在临床或研究应用需要高精度的情况下。
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bio-machine-learning-model-validation
实现嵌套交叉验证和分层划分，以对生物医学数据集进行无偏模型评估。防止生物标志物发现过程中的数据泄露和过拟合。在验证分类器或优化组学数据的超参数时使用。
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bio-metabolomics-pathway-mapping
使用KEGG、Reactome和MetaboAnalyst将代谢物映射到生物通路。进行通路富集和拓扑分析。在生化通路背景下解释代谢组学结果时使用。
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bio-metagenomics-abundance
使用Bracken和Kraken2的输出进行物种丰度估计。将来自较高分类级别的读段重新分配给物种，以获得更准确的估计。当需要从Kraken2分类输出中获得准确的物种水平丰度时，请使用此方法。
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bio-microbiome-amplicon-processing
从16S rRNA或ITS扩增子测序中使用DADA2推断扩增子序列变异（ASV）。涵盖质量过滤、错误学习、去噪和嵌合体去除。在处理解复用的扩增子FASTQ文件以生成用于下游分析的ASV表时使用。
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bio-pathway-reactome
使用ReactomePA包进行Reactome通路富集分析。在将基因列表与Reactome的经过同行评审的通路数据库进行对比分析时使用。执行过度表达分析和GSEA，并提供可视化和通路层次结构探索。
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bio-hi-c-analysis-tad-detection
从Hi-C数据中使用绝缘分数、HiCExplorer和其他方法调用拓扑关联域（TADs）。识别域边界和层次域结构。在从Hi-C绝缘分数调用TADs时使用。
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bio-tumor-fraction-estimation
通过ichorCNA从浅层全基因组测序估计循环肿瘤DNA的比例。通过HMM分割检测拷贝数变异，并计算ctDNA的百分比。需要0.1-1x的sWGS覆盖率。在通过液体活检量化肿瘤负荷或监测治疗反应时使用。
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bio-longread-alignment
使用minimap2对Oxford Nanopore和PacBio数据的长读段进行比对。支持针对不同读段类型和应用的各种预设。在将ONT或PacBio读段比对到参考基因组以进行变异检测、结构变异检测或覆盖度分析时使用。
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bio-metabolomics-normalization-qc
质量控制和代谢组学数据的标准化。涵盖了基于QC的校正、批次效应去除以及数据转换方法。在对代谢组学数据进行统计分析前，用于校正技术变异。
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bio-metabolomics-xcms-preprocessing
XCMS3工作流程用于LC-MS/MS代谢组学预处理。涵盖峰检测、保留时间对齐、对应（分组）和空白填充。在将原始LC-MS数据处理成非靶向代谢组学的特征表时使用。
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bio-methylation-dmr-detection
使用methylKit tiles、bsseq BSmooth和DMRcate检测差异甲基化区域（DMR）。当在不同实验条件或细胞类型间识别连续基因组区域的甲基化差异时使用。
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bio-pathway-gsea
使用clusterProfiler的gseGO和gseKEGG进行基因集富集分析。在分析排名基因列表时使用，以发现基因集中协调的表达变化，无需任意显著性截止值。能够检测到细微但协调的表达变化。
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bio-phasing-imputation-imputation-qc
对分阶段和插补结果进行质量控制。通过INFO分数进行筛选，评估准确性，并为下游分析准备插补数据。在过滤低质量的插补变异或在全基因组关联研究（GWAS）前验证插补准确性时使用。
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bio-hi-c-analysis-loop-calling
使用cooltools、chromosight和类似HiCCUPS的方法从Hi-C数据中检测染色质环和点相互作用。识别CTCF介导的环和增强子-启动子接触。在从Hi-C数据检测染色质环时使用。
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bio-long-read-sequencing-isoseq-analysis
分析PacBio Iso-Seq数据以发现全长异构体并进行定量。在表征转录多样性或识别新的剪接变体时使用。
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bio-longread-qc
使用NanoPlot、NanoStat和chopper对长读长测序数据进行质量控制。生成QC报告，按长度和质量筛选读段，并可视化读段特征。在评估ONT或PacBio运行质量或在组装或比对前筛选读段时使用。
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bio-metabolomics-msdial-preprocessing
基于MS-DIAL的代谢组学预处理作为XCMS的替代方案。涵盖峰检测、对齐、注释和导出以供下游分析使用。在处理用于R/Python分析的MS-DIAL输出文件时或偏好基于图形用户界面的预处理时使用。
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bio-longread-medaka
使用medaka从Oxford Nanopore数据中进行组装和变异体调用。该工具使用了针对特定碱基识别器版本训练的神经网络。当改进仅使用ONT的数据组装或在没有短读段校正的情况下从Nanopore数据中调用变异体时，请使用此方法。
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bio-methylation-methylkit
使用R中的methylKit进行DNA甲基化分析。导入Bismark覆盖文件，按覆盖率过滤，标准化样本，并执行统计比较。在分析单碱基甲基化模式、比较样本或准备用于DMR检测的数据时使用。
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bio-pathway-wikipathways
使用clusterProfiler和rWikiPathways进行WikiPathways富集分析。适用于将基因列表与社区策划的开源通路进行对比分析时。可为30多种物种执行过度表达分析和GSEA。
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bio-phasing-imputation-haplotype-phasing
使用Beagle或SHAPEIT将基因型分阶段成单倍型。确定每个染色体上共同遗传的等位基因。在准备用于填补、HLA分型或需要分阶段单倍型的群体遗传分析的VCF文件时使用。
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