bio-compressed-files
使用Biopython读写压缩的序列文件(gzip,bzip2,BGZF)。在处理.gz或.bz2序列文件时使用。对于可索引的压缩文件,请使用BGZF。
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
使用Biopython读写压缩的序列文件(gzip,bzip2,BGZF)。在处理.gz或.bz2序列文件时使用。对于可索引的压缩文件,请使用BGZF。
使用Seurat(R)和Scanpy(Python)读取、写入和创建单细胞数据对象。用于加载10X Genomics数据,导入/导出h5ad和RDS文件,创建Seurat对象和AnnData对象,以及在不同格式之间转换。在加载、保存或转换单细胞数据格式时使用。
通过使用bcftools consensus将VCF变异应用于参考序列来生成共识FASTA序列。在创建特定样本的参考序列或重建单倍型时使用。
使用Cromwell或miniwdl执行引擎,通过工作流描述语言(WDL)创建可移植的生物信息学管道。当运行GATK最佳实践管道、与Terra/AnVIL平台合作或为在Google Cloud或AWS上云执行构建工作流时,请使用此方法。
从VCF到关联结果的端到端GWAS工作流程。涵盖PLINK质量控制、群体结构校正以及针对病例对照或数量性状的关联测试。在进行全基因组关联研究时使用。
当用户说“需求设计”、“autorequirement”或“autoneed”时使用。通过多代理并行探索、自我辩论、迭代澄清和技能发现来结构化产品需求设计。在通过定向多视角分析将产品想法或大纲转化为完整、优化的需求文档时使用。
将Markdown文件转换为PDF(支持日文字体)。使用weasyprint,并以Hiragino/游书体生成美观的日文文档。适用于“转换为PDF”、“生成PDF”、“以PDF形式的报告”、“将文档打印”、“将资料转换为PDF”、“将Markdown转换为PDF”等请求。
探索并理解ServiceNow表结构、字段定义和关系
使用Biopython生成DNA/RNA序列的反向互补链和互补链。在处理相反链、引物设计或将模板链与编码链之间转换时使用。
分析Perturb-seq和CROP-seq CRISPR筛选数据与单细胞RNA测序(scRNA-seq)的整合。当通过在单细胞中进行汇集遗传扰动来识别基因功能时使用。
使用bcftools和cyvcf2查看、查询和理解VCF/BCF变异文件。在检查变异、提取特定字段或理解VCF格式结构时使用。
使用Nextflow DSL2创建可扩展的、容器化的生物信息学流程,支持Docker、Singularity和云执行。在构建具有容器支持的可移植流程、在云平台(如AWS、Google Cloud)上运行工作流或利用nf-core社区流程时使用。
从基因组序列到通量预测的全基因组代谢建模。涵盖使用CarveMe进行自动化重建,使用memote进行模型验证,FBA/FVA分析以及基因必需性预测。在从基因组数据构建代谢模型或预测代谢表型时使用。
当用户询问“HR案例”、“员工中心”、“入职”、“离职”、“HR服务”、“生命周期事件”、“HR目录”,或任何ServiceNow HR服务交付开发时,应使用此技能。
在构建Apache Spark应用程序、分布式数据处理管道或优化大数据工作负载时使用。调用以使用DataFrame API、Spark SQL、RDD操作、性能调优、流分析。
完整的更新集生命周期管理 - 创建、跟踪、验证和部署
使用Biopython创建和操作Seq、MutableSeq和SeqRecord对象。当从字符串创建序列、就地修改序列数据或构建带注释的序列记录时使用。
使用GIMME、iMAT和INIT算法以及表达数据约束来构建组织和条件特异性的代谢模型。创建反映细胞类型特异性代谢的模型。在构建组织特异性代谢模型或将转录组学与FBA结合时使用。
使用Common Workflow Language (CWL)创建可移植的、基于标准的生物信息学流程。当构建需要在执行平台间具有最大可移植性的流程、与使用不同系统的合作者共享流程,或为社区流程注册表做贡献时,请使用此方法。
从GWAS汇总统计数据到孟德尔随机化、共定位、精细映射和中介分析的端到端因果推断流程。在进行后GWAS因果推断时使用,以识别因果暴露、共享的因果变异体和介导机制。
从体细胞变异到疫苗候选物的端到端新抗原发现。整合HLA分型、MHC结合预测、pVACtools新抗原识别和免疫原性评分。在为个性化疫苗设计或检查点生物标志物识别肿瘤新抗原时使用。
根据职位要求,通过结构化评分、识别红旗信号和面试建议高效筛选简历
将Chrome书签组织成分类文件夹。当用户要求清理、整理、排序、分类或整理Chrome书签,或导入/导出书签时使用。
开发脚本包含的全面指南 - 基于类、客户端可调用(GlideAjax)、继承模式和最佳实践