微信扫一扫personjakexiao无需 Key
bio-chipseq-differential-binding
使用DiffBind进行差异结合分析。以统计严谨性比较不同条件下的ChIP-seq峰值。需要重复样本。输出具有倍数变化和p值的差异结合区域。在比较不同条件下的ChIP-seq结合时使用。
download11deployed_code—star0
Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
personjakexiao无需 Key
bio-clinical-databases-somatic-signatures
使用SigProfiler或MutationalPatterns从体细胞变异中提取和分析突变特征，以表征致突变过程。在识别癌症基因组中的DNA损伤机制或病因时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-clip-seq-clip-preprocessing
预处理CLIP-seq数据，包括接头序列修剪、UMI提取以及去除PCR重复。在准备用于峰值检测的原始CLIP、iCLIP或eCLIP读段时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-copy-number-cnv-visualization
可视化拷贝数谱型、片段，并跨样本进行比较。从CNVkit、GATK或其他调用者创建可用于发表的CNV数据图。在创建全基因组CNV图、样本热图或染色体级别的可视化时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-copy-number-gatk-cnv
使用GATK最佳实践工作流程调用拷贝数变异。支持从全基因组测序（WGS）或全外显子组测序（WES）数据中检测体细胞（肿瘤-正常）和种系CNV。在遵循GATK最佳实践或将CNV调用与其他GATK变异分析流程整合时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-de-deseq2-basics
使用R/Bioconductor中的DESeq2进行差异表达分析。用于分析RNA-seq计数数据，创建DESeqDataSet对象，运行DESeq工作流程，并提取具有对数倍数变化收缩的结果。在使用DESeq2进行差异表达分析时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-ecological-genomics-landscape-genomics
测试基因型-环境关联，并使用LFMM2（LEA）、pcadapt离群点检测、基于OutFLANK Fst的选择扫描和冗余分析来识别局部适应下的位点。在控制群体结构的同时，检测与环境变量相关的适应性遗传变异。当需要在环境梯度上识别适应性位点、检测局部适应的特征或使用gradientForest预测对气候变化的遗传脆弱性时，请使用此方法。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-experimental-design-sample-size
估算差异表达、ChIP-seq、甲基化和蛋白质组学研究所需的样本量。在预算实验、撰写基金提案或确定达到预期效应量统计显著性所需的最小重复次数时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-chipseq-peak-annotation
使用ChIPseeker将ChIP-seq峰注释到基因组特征和基因上。将峰分配给启动子、外显子、内含子和基因间区域。查找最近的基因并计算到TSS的距离。生成注释图和统计数据。在将ChIP-seq峰注释到基因组特征时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-clip-seq-clip-peak-calling
使用CLIPper、PureCLIP或Piranha从CLIP-seq数据中调用蛋白质-RNA结合位点峰。在从比对的CLIP读取中识别RBP结合位点时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-comparative-genomics-hgt-detection
使用HGTector、组成分析和系统发育不一致方法检测水平基因转移事件。通过异常的组成或意外的系统发育位置识别细菌和古菌基因组中的外来基因。在寻找水平转移基因或分析原核生物基因组进化时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-crispr-screens-batch-correction
针对CRISPR筛选的批次效应校正。涵盖跨批次标准化、技术重复处理以及考虑批次差异的分析。在合并来自多个批次的筛选结果或校正系统性的技术变异时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-crispr-screens-screen-qc
用于汇集CRISPR筛选的质量控制。涵盖文库代表性、读数分布、重复相关性以及必需基因的恢复。在进行命中呼叫之前评估筛选质量或诊断筛选性能不佳时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-de-visualization
使用DESeq2/edgeR内置函数可视化差异表达结果。涵盖plotMA、plotDispEsts、plotCounts、plotBCV、样本距离热图和p值直方图。在可视化差异表达结果时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-ecological-genomics-biodiversity-metrics
使用基于iNEXT覆盖的稀疏/外推、渐近多样性估计和β多样性划分（betapart周转与嵌套）的Hill数框架来计算物种丰富度、多样性和周转。在量化来自物种丰度或发生数据的生物多样性、比较不同地点的多样性或构建稀疏曲线时，使用基于覆盖标准化而非大小标准化的稀疏方法进行群落比较。不适用于临床16S微生物组α/β多样性分析（请参见microbiome/diversity-analysis）。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-expression-matrix-sparse-handling
使用稀疏矩阵来高效存储计数数据。当处理单细胞数据或大多数值为零的大批量RNA-seq数据集时，请使用此方法。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-clinical-databases-tumor-mutational-burden
从面板或WES数据中计算肿瘤突变负荷，采用适当的归一化和临床阈值。在评估免疫治疗资格或表征肿瘤免疫原性时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-copy-number-cnv-annotation
用基因、通路和临床意义注释CNV。在解释CNV调用或从拷贝数分析中识别受影响的基因时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-copy-number-cnvkit-analysis
使用CNVkit从靶向/外显子测序中检测拷贝数变异。支持肿瘤-正常对照样本对、仅肿瘤样本以及胚系CNV的鉴定。在从WES或靶向panel测序数据中检测CNVs时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-crispr-screens-hit-calling
用于在CRISPR筛选中识别命中基因的统计方法。涵盖了MAGeCK、BAGEL2、drugZ以及用于识别必需基因和抗性基因的自定义方法。当从通过质量控制后的筛选计数数据中识别显著基因时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-de-results
从DESeq2或edgeR中提取、过滤、注释并导出差异表达结果。用于识别显著基因、应用多重检验校正、添加基因注释以及准备下游分析的结果。在过滤和导出差异表达分析结果时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-de-edger-basics
使用R/Bioconductor中的edgeR进行差异表达分析。用于通过准似然F检验框架分析RNA-seq计数数据，创建DGEList对象，进行归一化、离散度估计和统计测试。在使用edgeR执行DE分析时使用。
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-ecological-genomics-edna-metabarcoding
使用OBITools3、DADA2以及与BOLD、MIDORI2或MitoFish数据库进行的分类学分配，处理从原始扩增子读数到物种出现表的环境DNA宏条形码数据。支持COI、12S、rbcL和ITS条形码区域，并通过去除引物、去噪、嵌合体检测及利用decontam进行污染过滤来处理这些数据。包括占用模型（occumb）以校正检测概率。适用于对水、土壤或混合样品中的eDNA进行生物多样性监测分析。…
download11deployed_code—star0
personjakexiao无需 Key
bio-flow-cytometry-differential-analysis
用于细胞计数数据的差异丰度和状态分析。使用统计方法比较不同条件下的细胞群体。当测试组间细胞频率或标记表达显著变化时使用。
download11deployed_code—star0