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bio-genome-assembly-contamination-detection
使用CheckM、CheckM2、GTDB-Tk和GUNC检测污染并评估宏基因组组装的基因组和分离株组装的基因组质量。在检查组装体是否受到污染时使用。
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Skill 资源库
AI Skill 资源库
把 Skill 的源码、资源快照、README、包体和安装信号放进一个可搜索、可筛选的公开目录。
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bio-genome-engineering-prime-editing-design
使用PrimeDesign算法设计用于引导编辑的pegRNA。生成间隔序列、PBS和RT模板序列，以实现无双链断裂的精确基因组修改。在设计需要进行精确插入、删除或点突变的引导编辑实验时使用。
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bio-primer-design-qpcr-primers
使用primer3-py设计qPCR引物和TaqMan/分子信标探针。配置探针Tm值、引物-探针间距以及实时PCR测定的水解探针约束条件。在设计qPCR引物和探针时使用。
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bio-reporting-rmarkdown-reports
使用R Markdown创建可重现的生物信息学分析报告，包括代码、结果和可视化内容，格式可以是HTML、PDF或Word。在使用RMarkdown生成分析报告时采用。
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bio-single-cell-data-io
使用Seurat（R）和Scanpy（Python）读取、写入和创建单细胞数据对象。用于加载10X Genomics数据，导入/导出h5ad和RDS文件，创建Seurat对象和AnnData对象，以及在不同格式之间转换。在加载、保存或转换单细胞数据格式时使用。
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bio-consensus-sequences
通过使用bcftools consensus将VCF变异应用于参考序列来生成共识FASTA序列。在创建特定样本的参考序列或重建单倍型时使用。
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bio-workflow-management-wdl-workflows
使用Cromwell或miniwdl执行引擎，通过工作流描述语言（WDL）创建可移植的生物信息学管道。当运行GATK最佳实践管道、与Terra/AnVIL平台合作或为在Google Cloud或AWS上云执行构建工作流时，请使用此方法。
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bio-workflows-gwas-pipeline
从VCF到关联结果的端到端GWAS工作流程。涵盖PLINK质量控制、群体结构校正以及针对病例对照或数量性状的关联测试。在进行全基因组关联研究时使用。
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bio-genome-assembly-scaffolding
使用YaHS、3D-DNA、SALSA2结合Hi-C数据将序列片段组装到染色体水平，并用BUSCO和接触图谱进行验证。当需要将序列片段组装到染色体水平时使用。
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bio-metabolomics-metabolite-annotation
从m/z和保留时间鉴定代谢物。涵盖数据库匹配、MS/MS光谱匹配以及置信度分配。在非靶向代谢组学中为检测到的特征分配化合物身份时使用。
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bio-proteomics-quantification
从质谱数据中进行蛋白质定量，包括无标签（LFQ，基于强度）、等重标记（TMT，iTRAQ）和代谢标记（SILAC）方法。在从MS数据中提取蛋白质丰度以进行差异分析时使用。
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bio-compressed-files
使用Biopython读写压缩的序列文件（gzip，bzip2，BGZF）。在处理.gz或.bz2序列文件时使用。对于可索引的压缩文件，请使用BGZF。
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bio-single-cell-perturb-seq
分析Perturb-seq和CROP-seq CRISPR筛选数据与单细胞RNA测序(scRNA-seq)的整合。当通过在单细胞中进行汇集遗传扰动来识别基因功能时使用。
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bio-vcf-basics
使用bcftools和cyvcf2查看、查询和理解VCF/BCF变异文件。在检查变异、提取特定字段或理解VCF格式结构时使用。
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bio-workflow-management-nextflow-pipelines
使用Nextflow DSL2创建可扩展的、容器化的生物信息学流程，支持Docker、Singularity和云执行。在构建具有容器支持的可移植流程、在云平台（如AWS、Google Cloud）上运行工作流或利用nf-core社区流程时使用。
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bio-workflows-metabolic-modeling-pipeline
从基因组序列到通量预测的全基因组代谢建模。涵盖使用CarveMe进行自动化重建，使用memote进行模型验证，FBA/FVA分析以及基因必需性预测。在从基因组数据构建代谢模型或预测代谢表型时使用。
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bio-genome-engineering-grna-design
使用CRISPRscan和本地评分算法为CRISPR-Cas9/Cas12a实验设计gRNA。使用Rule Set 2和Azimuth模型对靶向活性进行评分。在设计用于基因敲除、激活或抑制实验的sgRNA时使用。
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bio-phylo-modern-tree-inference
使用IQ-TREE2和RAxML-ng构建最大似然系统发育树。当从序列比对中推断具有模型选择、超快速自举或分区分析的出版质量级别的树时，请使用此方法。
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bio-reporting-quarto-reports
使用Quarto构建可重复的科学文档、演示文稿和网站，支持R、Python、Julia和Observable JS。在使用Quarto创建可重复报告时采用。
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bio-reverse-complement
使用Biopython生成DNA/RNA序列的反向互补链和互补链。在处理相反链、引物设计或将模板链与编码链之间转换时使用。
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bio-systems-biology-context-specific-models
使用GIMME、iMAT和INIT算法以及表达数据约束来构建组织和条件特异性的代谢模型。创建反映细胞类型特异性代谢的模型。在构建组织特异性代谢模型或将转录组学与FBA结合时使用。
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bio-workflow-management-cwl-workflows
使用Common Workflow Language (CWL)创建可移植的、基于标准的生物信息学流程。当构建需要在执行平台间具有最大可移植性的流程、与使用不同系统的合作者共享流程，或为社区流程注册表做贡献时，请使用此方法。
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bio-workflows-causal-genomics-pipeline
从GWAS汇总统计数据到孟德尔随机化、共定位、精细映射和中介分析的端到端因果推断流程。在进行后GWAS因果推断时使用，以识别因果暴露、共享的因果变异体和介导机制。
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bio-workflows-neoantigen-pipeline
从体细胞变异到疫苗候选物的端到端新抗原发现。整合HLA分型、MHC结合预测、pVACtools新抗原识别和免疫原性评分。在为个性化疫苗设计或检查点生物标志物识别肿瘤新抗原时使用。
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